### R code from vignette source 'annaffy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: annaffy.Rnw:71-72 ################################################### library("annaffy") ################################################### ### code chunk number 2: annaffy.Rnw:78-83 ################################################### data(aafExpr) probeids <- featureNames(aafExpr) symbols <- aafSymbol(probeids, "hgu95av2.db") symbols[[54]] symbols[55:57] ################################################### ### code chunk number 3: annaffy.Rnw:93-94 ################################################### getText(symbols[54:57]) ################################################### ### code chunk number 4: annaffy.Rnw:99-101 ################################################### gos <- aafGO(probeids, "hgu95av2.db") gos[[3]] ################################################### ### code chunk number 5: annaffy.Rnw:110-111 ################################################### gos[[3]][[1]]@name ################################################### ### code chunk number 6: annaffy.Rnw:142-144 ################################################### gbs <- aafGenBank(probeids, "hgu95av2.db") getURL(gbs[[1]]) ################################################### ### code chunk number 7: annaffy.Rnw:156-158 ################################################### lls <- aafLocusLink(probeids, "hgu95av2.db") getURL(lls[[2]]) ################################################### ### code chunk number 8: annaffy.Rnw:167-169 ################################################### bands <- aafCytoband(probeids, "hgu95av2.db") getURL(bands[[2]]) ################################################### ### code chunk number 9: annaffy.Rnw:179-181 ################################################### pmids <- aafPubMed(probeids, "hgu95av2.db") getURL(pmids[[2]]) ################################################### ### code chunk number 10: annaffy.Rnw:190-191 ################################################### getURL(gos[[1]]) ################################################### ### code chunk number 11: annaffy.Rnw:198-199 ################################################### getURL(gos[[1]][[4]]) ################################################### ### code chunk number 12: annaffy.Rnw:209-211 ################################################### paths <- aafPathway(probeids, "hgu95av2.db") getURL(paths[[4]]) ################################################### ### code chunk number 13: annaffy.Rnw:255-256 ################################################### library(multtest) ################################################### ### code chunk number 14: annaffy.Rnw:264-265 ################################################### class <- as.integer(pData(aafExpr)$covar1) - 1 ################################################### ### code chunk number 15: annaffy.Rnw:274-277 ################################################### teststat <- mt.teststat(exprs(aafExpr), class) index <- order(abs(teststat), decreasing = TRUE) probeids <- featureNames(aafExpr)[index] ################################################### ### code chunk number 16: annaffy.Rnw:291-292 ################################################### aaf.handler() ################################################### ### code chunk number 17: annaffy.Rnw:298-299 ################################################### anncols <- aaf.handler()[c(1:3,8:9,11:13)] ################################################### ### code chunk number 18: annaffy.Rnw:323-324 ################################################### anntable <- aafTableAnn(probeids[1:50], "hgu95av2.db", anncols) ################################################### ### code chunk number 19: annaffy.Rnw:331-332 ################################################### saveHTML(anntable, "example1.html", title = "Example Table without Data") ################################################### ### code chunk number 20: annaffy.Rnw:346-348 ################################################### testtable <- aafTable("t-statistic" = teststat[index[1:50]], signed = TRUE) table <- merge(anntable, testtable) ################################################### ### code chunk number 21: annaffy.Rnw:366-369 ################################################### exprtable <- aafTableInt(aafExpr, probeids = probeids[1:50]) table <- merge(table, exprtable) saveHTML(table, "example2.html", title = "Example Table with Data") ################################################### ### code chunk number 22: annaffy.Rnw:379-380 ################################################### saveText(table, "example2.txt") ################################################### ### code chunk number 23: annaffy.Rnw:406-410 ################################################### library(hgu95av2.db) probeids <- ls(hgu95av2SYMBOL) gos <- aafGO(probeids[1:2], "hgu95av2.db") getText(gos) ################################################### ### code chunk number 24: annaffy.Rnw:418-421 ################################################### kinases <- aafSearchText("hgu95av2.db", "Description", "kinase") kinases[1:5] print(length(kinases)) ################################################### ### code chunk number 25: annaffy.Rnw:429-432 ################################################### probes <- aafSearchText("hgu95av2.db", c("Description", "Pathway"), c("ribosome", "polymerase")) print(length(probes)) ################################################### ### code chunk number 26: annaffy.Rnw:445-448 ################################################### probes <- aafSearchText("hgu95av2.db", "Description", c("DNA", "polymerase"), logic = "AND") print(length(probes)) ################################################### ### code chunk number 27: annaffy.Rnw:456-458 ################################################### gbs <- c("AF035121", "AL021546", "AJ006123", "AL080082", "AI289489") aafSearchText("hgu95av2.db", "GenBank", gbs) ################################################### ### code chunk number 28: annaffy.Rnw:482-485 ################################################### aafSearchGO("hgu95av2.db", c("GO:0000002", "GO:0000008")) aafSearchGO("hgu95av2.db", c("2", "8")) aafSearchGO("hgu95av2.db", c(2, 8))