### R code from vignette source 'RMassBank.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: RMassBank.Rnw:24-26 ################################################### options(width=74) #library(xtable) ################################################### ### code chunk number 2: RMassBank.Rnw:69-70 ################################################### library(RMassBank) ################################################### ### code chunk number 3: RMassBank.Rnw:76-77 ################################################### library(RMassBankData) ################################################### ### code chunk number 4: RMassBank.Rnw:129-131 ################################################### file.copy(system.file("list/NarcoticsDataset.csv", package="RMassBankData"), "./Compoundlist.csv") ################################################### ### code chunk number 5: RMassBank.Rnw:140-141 ################################################### RmbSettingsTemplate("mysettings.ini") ################################################### ### code chunk number 6: RMassBank.Rnw:268-269 ################################################### loadRmbSettings("mysettings.ini") ################################################### ### code chunk number 7: RMassBank.Rnw:281-282 ################################################### w <- newMsmsWorkspace() ################################################### ### code chunk number 8: RMassBank.Rnw:288-293 ################################################### files <- list.files(system.file("spectra", package="RMassBankData"), ".mzML", full.names = TRUE) basename(files) # To make the workflow faster here, we use only 2 compounds: w@files <- files[1:2] ################################################### ### code chunk number 9: RMassBank.Rnw:301-302 ################################################### loadList("./Compoundlist.csv") ################################################### ### code chunk number 10: RMassBank.Rnw:350-352 ################################################### w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(1:4), archivename = "pH_narcotics") ################################################### ### code chunk number 11: RMassBank.Rnw:357-358 (eval = FALSE) ################################################### ## plotRecalibration(w) ################################################### ### code chunk number 12: RMassBank.Rnw:367-371 (eval = FALSE) ################################################### ## w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=1) ## w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=2) ## w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=3) ## # etc. ################################################### ### code chunk number 13: RMassBank.Rnw:375-376 (eval = FALSE) ################################################### ## lapply(w@spectra,function(s) s@found) ################################################### ### code chunk number 14: RMassBank.Rnw:380-381 (eval = FALSE) ################################################### ## findProgress(w) ################################################### ### code chunk number 15: RMassBank.Rnw:389-394 ################################################### # In the really evaluated workflow, we do the following: # we run steps 1 through 3, load the recalibration curve from a stored workflow # and recalibrate the data using that curve. storedW <- loadMsmsWorkspace(system.file("results/pH_narcotics_RF.RData", package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 16: RMassBank.Rnw:400-409 ################################################### # Just to display the recalibration curve as calculated from # the complete dataset: storedW <- msmsWorkflow(storedW, mode="pH", steps=4) # Copy the recalibration to workspace w and apply it # (no graph displayed here) w@rc <- storedW@rc w@rc.ms1 <- storedW@rc.ms1 w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=4, archivename = "pH_narcotics", newRecalibration = FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: RMassBank.Rnw:414-416 ################################################### w <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(5:8), archivename = "pH_narcotics") ################################################### ### code chunk number 18: RMassBank.Rnw:421-422 (eval = FALSE) ################################################### ## archiveResults(w, filename) ################################################### ### code chunk number 19: RMassBank.Rnw:448-452 ################################################### mb <- newMbWorkspace(w) mb <- resetInfolists(mb) mb <- loadInfolists(mb, system.file("infolists_incomplete", package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 20: RMassBank.Rnw:456-458 (eval = FALSE) ################################################### ## mb <- resetInfolists(mb) ## mb <- loadInfolists(mb, my_folder_with_csv_infolists_inside) ################################################### ### code chunk number 21: RMassBank.Rnw:462-463 (eval = FALSE) ################################################### ## mb <- addPeaks(mb, my_corrected_Failpeaks.csv) ################################################### ### code chunk number 22: RMassBank.Rnw:468-469 ################################################### mb <- mbWorkflow(mb, infolist_path="./Narcotics_infolist.csv") ################################################### ### code chunk number 23: RMassBank.Rnw:490-492 (eval = FALSE) ################################################### ## mb <- resetInfolists(mb) ## mb <- loadInfolists(mb, my_folder_with_csv_infolists_inside) ################################################### ### code chunk number 24: RMassBank.Rnw:498-500 ################################################### mb <- resetInfolists(mb) mb <- loadInfolists(mb, system.file("infolists", package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 25: RMassBank.Rnw:506-507 ################################################### mb <- mbWorkflow(mb) ################################################### ### code chunk number 26: RMassBank.Rnw:544-545 ################################################### sessionInfo()