### R code from vignette source 'MEDIPS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: MEDIPS.Rnw:65-68 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("MEDIPS") ################################################### ### code chunk number 3: MEDIPS.Rnw:74-75 (eval = FALSE) ################################################### ## library("BSgenome") ################################################### ### code chunk number 4: MEDIPS.Rnw:78-79 (eval = FALSE) ################################################### ## available.genomes() ################################################### ### code chunk number 5: MEDIPS.Rnw:85-88 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19") ################################################### ### code chunk number 6: MEDIPS.Rnw:94-97 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("MEDIPSData") ################################################### ### code chunk number 7: MEDIPS.Rnw:107-108 ################################################### library(MEDIPS) ################################################### ### code chunk number 8: MEDIPS.Rnw:114-115 ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) ################################################### ### code chunk number 9: MEDIPS.Rnw:125-126 ################################################### library("MEDIPSData") ################################################### ### code chunk number 10: MEDIPS.Rnw:148-151 ################################################### bam.file.hESCs.Rep1.MeDIP = system.file("extdata", "hESCs.MeDIP.Rep1.chr22.bam", package="MEDIPSData") bam.file.hESCs.Input = system.file("extdata", "hESCs.Input.chr22.bam", package="MEDIPSData") bam.file.DE.Input = system.file("extdata", "DE.Input.chr22.bam", package="MEDIPSData") ################################################### ### code chunk number 11: MEDIPS.Rnw:161-162 ################################################### BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" ################################################### ### code chunk number 12: MEDIPS.Rnw:165-166 ################################################### uniq=1e-3 ################################################### ### code chunk number 13: MEDIPS.Rnw:173-174 ################################################### extend=300 ################################################### ### code chunk number 14: MEDIPS.Rnw:179-180 ################################################### shift=0 ################################################### ### code chunk number 15: MEDIPS.Rnw:183-184 ################################################### ws=100 ################################################### ### code chunk number 16: MEDIPS.Rnw:192-193 ################################################### chr.select="chr22" ################################################### ### code chunk number 17: MEDIPS.Rnw:209-210 (eval = FALSE) ################################################### ## hESCs_MeDIP = MEDIPS.createSet(file=bam.file.hESCs.Rep1.MeDIP, BSgenome=BSgenome, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq, window_size=ws, chr.select=chr.select) ################################################### ### code chunk number 18: MEDIPS.Rnw:216-218 (eval = FALSE) ################################################### ## bam.file.hESCs.Rep2.MeDIP = system.file("extdata", "hESCs.MeDIP.Rep2.chr22.bam", package="MEDIPSData") ## hESCs_MeDIP = c(hESCs_MeDIP, MEDIPS.createSet(file=bam.file.hESCs.Rep2.MeDIP, BSgenome=BSgenome, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq, window_size=ws, chr.select=chr.select)) ################################################### ### code chunk number 19: MEDIPS.Rnw:224-226 ################################################### data(hESCs_MeDIP) data(DE_MeDIP) ################################################### ### code chunk number 20: MEDIPS.Rnw:231-233 ################################################### hESCs_Input = MEDIPS.createSet(file=bam.file.hESCs.Input, BSgenome=BSgenome, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq, window_size=ws, chr.select=chr.select) DE_Input = MEDIPS.createSet(file=bam.file.DE.Input, BSgenome=BSgenome, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq, window_size=ws, chr.select=chr.select) ################################################### ### code chunk number 21: MEDIPS.Rnw:246-247 ################################################### CS = MEDIPS.couplingVector(pattern="CG", refObj=hESCs_MeDIP[[1]]) ################################################### ### code chunk number 22: MEDIPS.Rnw:256-257 ################################################### mr.edgeR = MEDIPS.meth(MSet1=DE_MeDIP, MSet2=hESCs_MeDIP, CSet=CS, ISet1=DE_Input, ISet2=hESCs_Input, p.adj="bonferroni", diff.method="edgeR", MeDIP=T, CNV=F, minRowSum=10) ################################################### ### code chunk number 23: MEDIPS.Rnw:318-319 ################################################### mr.edgeR.s = MEDIPS.selectSig(results=mr.edgeR, p.value=0.1, adj=T, ratio=NULL, bg.counts=NULL, CNV=F) ################################################### ### code chunk number 24: MEDIPS.Rnw:355-356 ################################################### mr.edgeR.s.gain = mr.edgeR.s[which(mr.edgeR.s[,grep("logFC", colnames(mr.edgeR.s))]>0),] ################################################### ### code chunk number 25: MEDIPS.Rnw:361-362 ################################################### mr.edgeR.s.gain.m = MEDIPS.mergeFrames(frames=mr.edgeR.s.gain, distance=1) ################################################### ### code chunk number 26: MEDIPS.Rnw:376-378 (eval = FALSE) ################################################### ## columns=names(mr.edgeR)[grep("counts",names(mr.edgeR))] ## rois=MEDIPS.selectROIs(results=mr.edgeR, rois=mr.edgeR.s.gain.m, columns=columns, summarize=NULL) ################################################### ### code chunk number 27: MEDIPS.Rnw:389-390 (eval = FALSE) ################################################### ## rois.s=MEDIPS.selectROIs(results=mr.edgeR, rois=mr.edgeR.s.gain.m, columns=columns, summarize="avg") ################################################### ### code chunk number 28: MEDIPS.Rnw:407-408 ################################################### sr=MEDIPS.saturation(file=bam.file.hESCs.Rep1.MeDIP, BSgenome=BSgenome, uniq=uniq, extend=extend, shift=shift, window_size=ws, chr.select=chr.select, nit=10, nrit=1, empty_bins=TRUE, rank=FALSE) ################################################### ### code chunk number 29: MEDIPS.Rnw:426-427 ################################################### sr ################################################### ### code chunk number 30: saturationplot ################################################### MEDIPS.plotSaturation(sr) ################################################### ### code chunk number 31: MEDIPS.Rnw:465-466 (eval = FALSE) ################################################### ## cor.matrix=MEDIPS.correlation(MSets=c(hESCs_MeDIP, DE_MeDIP, hESCs_Input, DE_Input), plot=T, method="pearson") ################################################### ### code chunk number 32: MEDIPS.Rnw:475-476 ################################################### cr=MEDIPS.seqCoverage(file=bam.file.hESCs.Rep1.MeDIP, pattern="CG", BSgenome=BSgenome, chr.select=chr.select, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq) ################################################### ### code chunk number 33: coverageplot ################################################### MEDIPS.plotSeqCoverage(seqCoverageObj=cr, type="pie", cov.level = c(0,1, 2, 3, 4, 5)) ################################################### ### code chunk number 34: coverageplothist ################################################### MEDIPS.plotSeqCoverage(seqCoverageObj=cr, type="hist", t = 15, main="Sequence pattern coverage, histogram") ################################################### ### code chunk number 35: MEDIPS.Rnw:518-519 (eval = FALSE) ################################################### ## er=MEDIPS.CpGenrich(file=bam.file.hESCs.Rep1.MeDIP, BSgenome=BSgenome, chr.select=chr.select, extend=extend, shift=shift, uniq=uniq) ################################################### ### code chunk number 36: MEDIPS.Rnw:544-545 (eval = FALSE) ################################################### ## MEDIPS.exportWIG(Set=hESCs_MeDIP[[1]], file="hESC.MeDIP.rep1.wig", format="rpkm", descr="") ################################################### ### code chunk number 37: MEDIPS.Rnw:567-568 (eval = FALSE) ################################################### ## Input.merged=MEDIPS.mergeSets(MSet1=hESCs_Input, MSet2=DE_Input, name="Input.hESCs.DE") ################################################### ### code chunk number 38: MEDIPS.Rnw:583-584 (eval = FALSE) ################################################### ## anno.mart.gene = MEDIPS.getAnnotation(dataset=c("hsapiens_gene_ensembl"), annotation=c("GENE"), chr="chr22") ################################################### ### code chunk number 39: MEDIPS.Rnw:590-591 (eval = FALSE) ################################################### ## mr.edgeR.s = MEDIPS.setAnnotation(regions=mr.edgeR.s, annotation=anno.mart.gene) ################################################### ### code chunk number 40: MEDIPS.Rnw:604-605 (eval = FALSE) ################################################### ## mr.edgeR=MEDIPS.addCNV(cnv.Frame=10000, ISet1=hESCs_Input, ISet2=DE_Input, results=mr.edgeR) ################################################### ### code chunk number 41: MEDIPS.Rnw:613-614 (eval = FALSE) ################################################### ## MEDIPS.plotCalibrationPlot(CSet=CS, main="Calibration Plot", MSet=hESCs_MeDIP[[1]], plot_chr="chr22", rpkm=TRUE, xrange=TRUE)