### R code from vignette source 'bus.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: bus ################################################### options(keep.source = TRUE, width = 60) bus <- packageDescription("BUS") ################################################### ### code chunk number 2: association.genes ################################################### library(BUS) library(minet) data(copasi) mat=as.matrix(copasi)[1:5,] rownames(mat)<-paste("G",1:nrow(mat), sep="") BUS(EXP=mat,measure="MI",n.replica=400,net.trim="aracne",thresh=0.05,nflag=1) ################################################### ### code chunk number 3: association.genes.traits ################################################### data(tumors.mRNA) exp<- as.matrix(tumors.mRNA)[11:15,] rownames(exp)<-rownames(tumors.mRNA)[11:15] data(tumors.miRNA) trait<- as.matrix(tumors.miRNA)[11:15,] rownames(trait)<-rownames(tumors.miRNA)[11:15] BUS(EXP=exp,trait=trait,measure="MI",nflag=2)