####################################################################### ################# - Package submission, Janaury 2, 2015, version 0.99.0 - Package second submission, February 19, 2015, version 0.99.1 - Package third submission, March 9, 2015, version 0.99.2 - Another submission, April 9, 2015, version 0.99.4 - Finally acceptted and now in developmental version of bioconductor, July 2, 2015, version 0.99.6 ################# ####################################################################### ####################################################################### ################ 0.99.7 - Adding some functionalities according to suggestions received during BioC2015 conference - XBplot: A function to take a look at the distribution of background noise of your experiment. You can get a rough idea of how your experiment is influenced by background noise (Reads mapped to the non-exonic regions) - XBSeq paper got published online on June 6. All the references has been updated. - Adding MLE for estimation of parameters which depends on Delaporte package - Adding unit testing - XBSeq paper got published online on June 6. All the references has been updated. ###################################################################### ################### 0.99.8 - Change XBplot unit to logTPM rather logRPKM. ###################################################################### ################### 1.0.0 - First version was released in Bioconductor 3.2 ###################################################################### ################### 1.1.0 - Add dynamic visulization to XBplot and MAplot - Comment regarding intron retention ###################################################################### ################### 1.1.2 - Delete dynamic visulization for speed concerns ###################################################################### ################### 1.2.3 - Incorporating funcitonality of differential usage testing from roar - Add beta approximation for testing differential expression ###################################################################### ################### 1.2.4 - fix .Rd bug - finish updating XBSeq2