### R code from vignette source 'siggenes.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: siggenes.Rnw:60-61 ################################################### library(siggenes) ################################################### ### code chunk number 2: siggenes.Rnw:64-65 ################################################### library(siggenes) ################################################### ### code chunk number 3: siggenes.Rnw:74-75 ################################################### data(golub) ################################################### ### code chunk number 4: siggenes.Rnw:149-150 ################################################### args(sam) ################################################### ### code chunk number 5: siggenes.Rnw:155-156 ################################################### args(d.stat) ################################################### ### code chunk number 6: siggenes.Rnw:190-191 ################################################### args.sam(summary) ################################################### ### code chunk number 7: siggenes.Rnw:264-266 ################################################### n <- 10 rep(1, n) ################################################### ### code chunk number 8: siggenes.Rnw:280-282 ################################################### n1 <- n2 <- 5 rep(c(0, 1), c(n1, n2)) ################################################### ### code chunk number 9: siggenes.Rnw:308-310 ################################################### K <- 5 c((-1:-5), 1:5) ################################################### ### code chunk number 10: siggenes.Rnw:322-324 ################################################### K <- 5 rep(1:K, e = 2) * rep(c(-1 ,1), K) ################################################### ### code chunk number 11: siggenes.Rnw:335-337 ################################################### K <- 5 cbind(rep(c(-1, 1), 5), rep(1:5, e = 2)) ################################################### ### code chunk number 12: siggenes.Rnw:374-376 ################################################### sam.out <- sam(golub, golub.cl, rand = 123, gene.names = golub.gnames[,3]) sam.out ################################################### ### code chunk number 13: siggenes.Rnw:400-401 ################################################### sam.out2 <- sam(golub, golub.cl, method = wilc.stat, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 14: siggenes.Rnw:406-407 ################################################### summary(sam.out) ################################################### ### code chunk number 15: siggenes.Rnw:420-421 ################################################### print(sam.out, seq(1.5, 2.4, 0.1)) ################################################### ### code chunk number 16: siggenes.Rnw:470-472 ################################################### sum.sam.out <- summary(sam.out, 3.3) sum.sam.out ################################################### ### code chunk number 17: siggenes.Rnw:485-486 ################################################### print(sum.sam.out, varNames = "Proteins") ################################################### ### code chunk number 18: siggenes.Rnw:494-495 ################################################### sum.sam.out@row.sig.genes ################################################### ### code chunk number 19: siggenes.Rnw:500-501 ################################################### sum.sam.out@mat.fdr ################################################### ### code chunk number 20: siggenes.Rnw:506-507 ################################################### sum.sam.out@mat.sig ################################################### ### code chunk number 21: siggenes.Rnw:512-513 ################################################### list.siggenes(sam.out, 3.3) ################################################### ### code chunk number 22: siggenes.Rnw:520-521 ################################################### findDelta(sam.out, fdr = 0.05) ################################################### ### code chunk number 23: siggenes.Rnw:534-535 ################################################### findDelta(sam.out, genes = 200) ################################################### ### code chunk number 24: siggenes.Rnw:553-554 ################################################### find.out <- find.a0(golub, golub.cl, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 25: siggenes.Rnw:560-561 ################################################### find.out ################################################### ### code chunk number 26: siggenes.Rnw:569-570 ################################################### print(find.out, 0.95) ################################################### ### code chunk number 27: siggenes.Rnw:604-605 ################################################### ebam(find.out) ################################################### ### code chunk number 28: siggenes.Rnw:612-613 ################################################### ebam(find.out, which.a0 = 2) ################################################### ### code chunk number 29: siggenes.Rnw:625-626 ################################################### ebam(golub, golub.cl, a0 = 0, fast = TRUE, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 30: siggenes.Rnw:640-641 ################################################### ebam.out <- ebam(golub, golub.cl, a0 = 0, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 31: siggenes.Rnw:651-652 ################################################### print(ebam.out, seq(0.91, 0.99, 0.01)) ################################################### ### code chunk number 32: siggenes.Rnw:675-676 ################################################### summary(ebam.out, 0.99997) ################################################### ### code chunk number 33: siggenes.Rnw:693-694 ################################################### ebam(golub, golub.cl, a0 = 0, var.equal = TRUE, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 34: siggenes.Rnw:701-702 ################################################### ebam(golub, golub.cl, quan.a0 = 0.5, rand = 123) ################################################### ### code chunk number 35: siggenes.Rnw:709-710 ################################################### ebam(golub, golub.cl, method = wilc.ebam, rand =123) ################################################### ### code chunk number 36: siggenes.Rnw:777-795 ################################################### t.stat <- function(data, cl){ require(genefilter) || stop("genefilter required.") cl <- as.factor(cl) row.out <- rowttests(data, cl) d <- row.out$statistic m <- length(na.exclude(d)) d.bar <- qt(((1:m) - 0.5)/m, length(cl) - 2) p.value <- row.out$p.value vec.false <- m * p.value/2 s <- row.out$dm/d msg <- paste("SAM Two-Class Analysis", "Assuming Normality\n\n") list(d = -d, d.bar = d.bar, p.value = p.value, vec.false = vec.false, s = s, s0 = 0, mat.samp = matrix(numeric(0)), msg = msg, fold = numeric(0)) } ################################################### ### code chunk number 37: siggenes.Rnw:808-809 ################################################### sam(golub, golub.cl, method = t.stat) ################################################### ### code chunk number 38: siggenes.Rnw:854-871 ################################################### t.find <- function(data, cl, B = 50){ require(genefilter) z.fun <- function(data, cl){ cl <- as.factor(cl) out <- rowttests(data, cl) r<- out$dm s<- r / out$statistic return(list(r = -r, s = s)) } mat.samp <- matrix(0, B, length(cl)) for(i in 1:B) mat.samp[i, ] <- sample(cl) z.out <- z.fun(data, cl) msg <- paste("EBAM Analysis with a Moderated t-Statistic\n\n") list(r = z.out$r, s = z.out$s, mat.samp = mat.samp, z.fun = z.fun, msg = msg) } ################################################### ### code chunk number 39: siggenes.Rnw:881-883 ################################################### t.out <- find.a0(golub, golub.cl, method = t.find, B = 100, rand =123) t.out ################################################### ### code chunk number 40: siggenes.Rnw:888-889 ################################################### find.a0(golub, golub.cl, var.equal = TRUE, rand =123) ################################################### ### code chunk number 41: siggenes.Rnw:894-895 ################################################### ebam(t.out) ################################################### ### code chunk number 42: siggenes.Rnw:928-941 ################################################### t.ebam<-function(data, cl){ require(genefilter) cl <- as.factor(cl) out <- rowttests(data, cl) z <- -out$statistic z.dens <- denspr(z)$y m <- length(z) vec.pos <- m * out$p.value / 2 z.null <- dt(z, length(cl) - 2) msg<-paste("EBAM Analysis with t-Statistic Assuming Normality.\n\n") list(z = z, ratio = z.null/z.dens, vec.pos = vec.pos, vec.neg = vec.pos, msg = msg) } ################################################### ### code chunk number 43: siggenes.Rnw:951-952 ################################################### ebam(golub, golub.cl, method = t.ebam)