### R code from vignette source 'depsearch.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: depsearch.Rnw:81-83 ################################################### library(pint) data(chromosome17) ################################################### ### code chunk number 2: depsearch.Rnw:116-117 ################################################### models <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, windowSize = 10, chr = 17, arm = 'q') ################################################### ### code chunk number 3: depsearch.Rnw:150-151 ################################################### plot(models, showTop = 10) ################################################### ### code chunk number 4: depsearch.Rnw:165-166 ################################################### topGenes(models, 5) ################################################### ### code chunk number 5: depsearch.Rnw:185-187 ################################################### model <- topModels(models) plot(model, geneExp, geneCopyNum) ################################################### ### code chunk number 6: details ################################################### sessionInfo()