### R code from vignette source 'mygene.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: mygene.Rnw:32-33 ################################################### library(mygene) ################################################### ### code chunk number 3: mygene.Rnw:36-42 ################################################### gene <- getGene("1017", fields="all") length(gene) gene["name"] gene["taxid"] gene["uniprot"] gene["refseq"] ################################################### ### code chunk number 4: mygene.Rnw:52-53 ################################################### getGenes(c("1017","1018","ENSG00000148795")) ################################################### ### code chunk number 5: mygene.Rnw:67-68 ################################################### query(q="cdk2", size=5) ################################################### ### code chunk number 6: mygene.Rnw:71-72 ################################################### query(q="NM_013993") ################################################### ### code chunk number 7: mygene.Rnw:82-84 ################################################### queryMany(c('1053_at', '117_at', '121_at', '1255_g_at', '1294_at'), scopes="reporter", species="human") ################################################### ### code chunk number 8: mygene.Rnw:90-101 ################################################### xli <- c('CCDC83', 'MAST3', 'RPL11', 'ZDHHC20', 'LUC7L3', 'SNORD49A', 'CTSH', 'ACOT8') txdb <- makeTxDbFromMyGene(xli, scopes="symbol", species="human") transcripts(txdb) ################################################### ### code chunk number 9: mygene.Rnw:116-126 ################################################### xli <- c('DDX26B', 'CCDC83', 'MAST3', 'FLOT1', 'RPL11', 'ZDHHC20', 'LUC7L3', 'SNORD49A', 'CTSH', 'ACOT8') ################################################### ### code chunk number 10: mygene.Rnw:131-132 ################################################### queryMany(xli, scopes="symbol", fields="entrezgene", species="human") ################################################### ### code chunk number 11: mygene.Rnw:139-142 ################################################### out <- queryMany(xli, scopes="symbol", fields="ensembl.gene", species="human") out out$ensembl[[4]]$gene ################################################### ### code chunk number 12: mygene.Rnw:150-157 ################################################### xli <- c('DDX26B', 'CCDC83', 'MAST3', 'FLOT1', 'RPL11', 'Gm10494') queryMany(xli, scopes="symbol", fields="entrezgene", species="human") ################################################### ### code chunk number 13: mygene.Rnw:162-171 ################################################### xli <- c('DDX26B', 'CCDC83', 'MAST3', 'FLOT1', 'RPL11', 'Gm10494', '1007_s_at', 'AK125780') ################################################### ### code chunk number 14: mygene.Rnw:176-180 ################################################### out <- queryMany(xli, scopes=c("symbol", "reporter","accession"), fields=c("entrezgene","uniprot"), species="human") out out$uniprot.Swiss.Prot[[5]] ################################################### ### code chunk number 15: mygene.Rnw:191-193 ################################################### queryMany(xli, scopes=c("symbol", "reporter", "accession"), fields=c("entrezgene", "uniprot"), species='human', returnall=TRUE)