### R code from vignette source 'diggit.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: diggit.Rnw:14-16 ################################################### # Initialization cores <- 3*(Sys.info()[1]!="Windows")+1 ################################################### ### code chunk number 2: diggit.Rnw:37-40 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install(c("diggitdata", "diggit")) ################################################### ### code chunk number 3: diggit.Rnw:49-50 ################################################### library(diggit) ################################################### ### code chunk number 4: diggit.Rnw:65-69 ################################################### data(gbm.expression, package="diggitdata") data(gbm.cnv, package="diggitdata") data(gbm.aracne, package="diggitdata") data(gbm.mindy, package="diggitdata") ################################################### ### code chunk number 5: diggit.Rnw:73-75 ################################################### genes <- intersect(rownames(gbmExprs), rownames(gbmCNV))[1:1000] gbmCNV <- gbmCNV[match(genes, rownames(gbmCNV)), ] ################################################### ### code chunk number 6: diggit.Rnw:83-85 ################################################### dobj <- diggitClass(expset=gbmExprs, cnv=gbmCNV, regulon=gbmTFregulon, mindy=gbmMindy) dobj ################################################### ### code chunk number 7: diggit.Rnw:92-95 ################################################### dobj <- fCNV(dobj, method="spearman", verbose=FALSE) diggitFcnv(dobj)[1:5] head(dobj, 5)$fcnv ################################################### ### code chunk number 8: diggit.Rnw:98-106 ################################################### RNGkind("L'Ecuyer-CMRG") set.seed(1) if(tools:::.OStype() == "unix") { mc.reset.stream() } dobj <- fCNV(dobj, method="mi", cores=cores, verbose=FALSE) diggitFcnv(dobj)[1:5] head(dobj, 5)$fcnv ################################################### ### code chunk number 9: fcnv ################################################### tmp.cnv <- diggitCNV(dobj) tmp.exp <- exprs(exprs(dobj)) samp <- intersect(colnames(tmp.cnv), colnames(tmp.exp)) tmp.cnv <- tmp.cnv[, match(samp, colnames(tmp.cnv))] tmp.exp <- tmp.exp[, match(samp, colnames(tmp.exp))] res.cor <- diggitFcnv(fCNV(dobj, method="spearman")) par(mfrow=c(1, 2)) plot(tmp.cnv["KLHL9", ], tmp.exp["KLHL9", ], pch=20, cex=.8, xlab="KLHL9 CNV", ylab="KLHL9 Expression", main=paste("Correlation: ", signif(res.cor["KLHL9"], 2), ", MI: ", signif(diggitFcnv(dobj)["KLHL9"], 2), sep=""), cex.lab=1.2, font.lab=2) abline(v=0, lty=3) plot(tmp.cnv["CEBPD", ], tmp.exp["CEBPD", ], pch=20, cex=.8, xlab="CEBPD CNV", ylab="CEBPD Expression", main=paste("Correlation: ", signif(res.cor["CEBPD"], 2), ", MI: ", signif(diggitFcnv(dobj)["CEBPD"], 2), sep=""), cex.lab=1.2, font.lab=2) abline(v=0, lty=3) ################################################### ### code chunk number 10: diggit.Rnw:140-147 ################################################### set.seed(1) library(parallel) if(tools:::.OStype() == "unix") { mc.reset.stream() } dobj <- marina(dobj, pheno="subtype", group1="MES", group2="PN", cores=cores, verbose=FALSE) head(dobj, 5)$mr ################################################### ### code chunk number 11: diggit.Rnw:157-163 ################################################### set.seed(1) if(tools:::.OStype() == "unix") { mc.reset.stream() } dobj <- aqtl(dobj, mr=c("CEBPD", "STAT3"), method="mi", cores=cores, verbose=FALSE) head(dobj, 5)$aqtl ################################################### ### code chunk number 12: diggit.Rnw:173-175 ################################################### data(gbm.cnv.normal, package="diggitdata") cnvthr <- quantile(as.vector(gbmCNVnormal), c(.025, .975), na.rm=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: diggit.Rnw:179-182 ################################################### dobj <- conditional(dobj, pheno="subtype", group1="MES", group2="PN", mr="STAT3", cnv=cnvthr, cores=cores, verbose=FALSE) dobj ################################################### ### code chunk number 14: conditional ################################################### plot(dobj, "STAT3", cluster="2") summary(dobj) ################################################### ### code chunk number 15: diggit.Rnw:204-212 ################################################### set.seed(1) if(tools:::.OStype() == "unix") { mc.reset.stream() } dobj <- aqtl(dobj, mr=c("CEBPD", "STAT3"), method="mi", mindy=TRUE, cores=cores, verbose=FALSE) dobj <- conditional(dobj, pheno="subtype", group1="MES", group2="PN", mr="STAT3", cnv=cnvthr, verbose=FALSE) summary(dobj) ################################################### ### code chunk number 16: diggit.Rnw:216-217 ################################################### sessionInfo()