### R code from vignette source 'copa.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: copa.Rnw:96-100 ################################################### library(copa) library(colonCA) data(colonCA) head(pData(colonCA), 10) ################################################### ### code chunk number 2: copa.Rnw:116-117 ################################################### rslt <- copa(colonCA, as.numeric(pData(colonCA)[,3])) ################################################### ### code chunk number 3: copa.Rnw:122-123 (eval = FALSE) ################################################### ## plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon")) ################################################### ### code chunk number 4: copa.Rnw:128-129 ################################################### plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon")) ################################################### ### code chunk number 5: copa.Rnw:146-147 ################################################### tableCopa(rslt) ################################################### ### code chunk number 6: copa.Rnw:154-155 ################################################### summaryCopa(rslt, 9) ################################################### ### code chunk number 7: copa.Rnw:170-172 ################################################### prm <- copaPerm(colonCA, rslt, 9, 24) sum(prm >= 9)