### R code from vignette source 'bgafun.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: bgafun.rnw:46-49 ################################################### library(bgafun) LDH <- read.alignment(file = system.file("sequences/LDH-MDH-PF00056.fasta", package = "bgafun"), format = "fasta") class(LDH) ################################################### ### code chunk number 2: bgafun.rnw:55-63 ################################################### library(bgafun) data(LDH) LDH.amino=convert_aln_amino(LDH) LDH.groups=rownames(LDH.amino) LDH.groups[grep("LDH",LDH.groups)]="LDH" LDH.groups[grep("MDH",LDH.groups)]="MDH" LDH.groups=as.factor(LDH.groups) LDH.groups ################################################### ### code chunk number 3: bgafun.rnw:78-85 ################################################### library(bgafun) data(LDH) data(LDH.groups) LDH.amino=convert_aln_amino(LDH) dim(LDH.amino) LDH.amino.gapless=remove_gaps_groups(LDH.amino,LDH.groups) dim(LDH.amino.gapless) ################################################### ### code chunk number 4: bgafun.rnw:91-95 ################################################### library(bgafun) data(LDH.amino.gapless) LDH.pseudo=LDH.amino.gapless+1 dim(LDH.pseudo) ################################################### ### code chunk number 5: bgafun.rnw:98-102 ################################################### library(bgafun) data(LDH.amino.gapless) LDH.pseudo=add_pseudo_counts(LDH.amino.gapless,LDH.groups) dim(LDH.pseudo) ################################################### ### code chunk number 6: bgafun.rnw:119-126 ################################################### library(bgafun) data(LDH) data(LDH.groups) LDH.aap=convert_aln_AAP(LDH) dim(LDH.aap) LDH.aap.ave=average_cols_aap(LDH.aap,LDH.groups) dim(LDH.aap.ave) ################################################### ### code chunk number 7: bgafun.rnw:135-143 ################################################### library(bgafun) data(LDH) data(LDH.groups) data(LDH.amino.gapless) data(LDH.aap.ave) LDH.aap.ave.bga=run_between_pca(LDH.amino.gapless,LDH.aap.ave,LDH.groups) class(LDH.aap.ave.bga) ################################################### ### code chunk number 8: bgafun.rnw:147-151 ################################################### library(bgafun) data(LDH.groups) data(LDH.amino.gapless) LDH.binary.bga=bga(t(LDH.amino.gapless+1),LDH.groups) ################################################### ### code chunk number 9: PCAplot ################################################### plot(LDH.aap.ave.bga) ################################################### ### code chunk number 10: bgafun.rnw:172-174 ################################################### top_res=top_residues_2_groups(LDH.binary.bga) names(top_res)=sub("X","",names(top_res)) ################################################### ### code chunk number 11: bgafun.rnw:181-184 ################################################### LDH.profiles=create_profile_strings(LDH.amino,LDH.groups) LDH.profiles[, colnames(LDH.profiles) %in% names(top_res)]