### R code from vignette source 'vsnStudy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vsnStudy.Rnw:78-80 (eval = FALSE) ################################################### ## library(ArrayExpress) ## getAE(c('E-GEOD-11121','E-GEOD-12093'), extract=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: vsnStudy.Rnw:86-91 (eval = FALSE) ################################################### ## library(arrayQualityMetrics) ## celDir <- 'PATH' ## celf <- list.celfiles(celDir, full.names=T) ## ab <- read.affybatch(celf) ## arrayQualityMetrics(ab, outdir='QA') ################################################### ### code chunk number 3: vsnStudy.Rnw:124-127 (eval = FALSE) ################################################### ## library(vsn) ## fit <- vsn2(ab, subsample=100000) ## x <- predict(fit, newdata=ab) ################################################### ### code chunk number 4: vsnStudy.Rnw:180-186 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## fit_ref <- vsn2(ab[,1:20]) ## fit_add1 <- vsn2(ab[,21:40], reference=fit_ref) ## fit_add2 <- vsn2(ab[,41:60], reference=fit_ref) ## set.seed(1234) ## fit_comp <- vsn2(ab)