### R code from vignette source 'affyILM.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: affyILM.Rnw:60-63 ################################################### library(affy) library(gcrma) require(AffymetrixDataTestFiles) ################################################### ### code chunk number 2: affyILM.Rnw:68-69 ################################################### require(AffymetrixDataTestFiles) ################################################### ### code chunk number 3: affyILM.Rnw:73-74 ################################################### library(affyILM) ################################################### ### code chunk number 4: affyILM.Rnw:77-80 ################################################### path <- system.file("rawData", "FusionSDK_HG-Focus", "HG-Focus", "2.Calvin", package="AffymetrixDataTestFiles") file1 <- file.path(path,"HG-Focus-1-121502.CEL") ################################################### ### code chunk number 5: affyILM.Rnw:84-85 ################################################### result <- ilm(file1); ################################################### ### code chunk number 6: affyILM.Rnw:95-96 ################################################### getIntens(result,"AFFX-r2-Ec-bioD-5_at") ################################################### ### code chunk number 7: affyILM.Rnw:102-103 ################################################### plotIntens(result,"AFFX-r2-Ec-bioD-5_at","HG-Focus-1-121502.CEL") ################################################### ### code chunk number 8: affyILM.Rnw:114-116 ################################################### file2 <- file.path(path,"HG-Focus-2-121502.CEL") result2files <- ilm(c(file1,file2),satLim=12000) ################################################### ### code chunk number 9: affyILM.Rnw:121-122 ################################################### getIntens(result2files,"AFFX-r2-Ec-bioD-5_at") ################################################### ### code chunk number 10: affyILM.Rnw:132-133 ################################################### getProbeConcs(result2files,"AFFX-r2-Ec-bioD-5_at") ################################################### ### code chunk number 11: affyILM.Rnw:137-141 ################################################### res_1 <- result["AFFX-r2-Ec-bioD-5_at"] res_1 res_2 <- result[c("AFFX-r2-Ec-bioD-5_at","207218_at")] res_2 ################################################### ### code chunk number 12: affyILM.Rnw:144-148 ################################################### res2_1 <- result2files["AFFX-r2-Ec-bioD-5_at"] res2_1 res2_2 <- result2files[c("AFFX-r2-Ec-bioD-5_at","207218_at")] res2_2 ################################################### ### code chunk number 13: affyILM.Rnw:156-157 ################################################### pILM<-plotILM(result2files,"AFFX-r2-Ec-bioD-5_at","HG-Focus-1-121502.CEL") ################################################### ### code chunk number 14: affyILM.Rnw:166-167 ################################################### print(str(pILM))