### R code from vignette source 'VegaMC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: library_VegaMC ################################################### library(VegaMC) ################################################### ### code chunk number 2: copy_dataset ################################################### file.copy(system.file("example/breast_Affy500K.txt", package="VegaMC"),".") ################################################### ### code chunk number 3: runVegaMC_breast ################################################### results <- vegaMC("breast_Affy500K.txt", output_file_name="breast.analysis", beta=1, min_region_bp_size=2000, bs=5000, html=FALSE, getGenes=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: colnames_results ################################################### colnames(results)