### R code from vignette source 'SQUADD_ERK.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: source package ################################################### library(SQUADD) ################################################### ### code chunk number 2: instance ################################################### # construct instance of SquadSimResServiceImpl fpath <- system.file("extdata", package="SQUADD") folder <- file.path(fpath,"data_ERK") sim <- simResService (folder=folder, time= 20, ncolor=5, legend= c("EGF", "ERK", "MEK", "RAF"), indexDeno=1, method="lowess") ################################################### ### code chunk number 3: SimMatrix ################################################### sim["selectNode"] <-c("ERK", "MEK", "RAF") plotSimMatrix(sim) ################################################### ### code chunk number 4: fittedValues ################################################### tab <- getFittedTable(sim) ################################################### ### code chunk number 5: PredMap ################################################### plotPredMap(sim) ################################################### ### code chunk number 6: FigPredMap ################################################### plotPredMap(sim) ################################################### ### code chunk number 7: SQUADD_ERK.Rnw:167-168 ################################################### sessionInfo()