### R code from vignette source 'NuPoP-intro.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: NuPoP-intro.Rnw:49-50 ################################################### library(NuPoP) ################################################### ### code chunk number 2: NuPoP-intro.Rnw:55-56 ################################################### predNuPoP(system.file("extdata", "test.seq", package="NuPoP"),species=7,model=4) ################################################### ### code chunk number 3: NuPoP-intro.Rnw:72-74 ################################################### results=readNuPoP("test.seq_Prediction4.txt",startPos=1,endPos=5000) results[1:5,] ################################################### ### code chunk number 4: NuPoP-intro.Rnw:77-78 ################################################### plotNuPoP(results)