### R code from vignette source 'IVAS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: loading IVAS package ################################################### library(IVAS) ################################################### ### code chunk number 3: loading the expression data ################################################### data(sampleexp) ################################################### ### code chunk number 4: loading the SNP data ################################################### data(samplesnp) ################################################### ### code chunk number 5: loading the SNP position data ################################################### data(samplesnplocus) ################################################### ### code chunk number 6: loading the txdb data ################################################### sampleDB <- system.file("extdata","sampleDB", package="IVAS") sample.Txdb <- loadDb(sampleDB) ################################################### ### code chunk number 7: Splicingfinder function ################################################### ASdb <- Splicingfinder(GTFdb=sample.Txdb,calGene=NULL,Ncor=1,out.dir=NULL) ASdb head(slot(ASdb,"SplicingModel")$"ASS") ################################################### ### code chunk number 8: RatioFromFPKM function ################################################### ASdb <- RatioFromFPKM(GTFdb=sample.Txdb,ASdb=ASdb,Total.expdata=sampleexp, CalIndex="ASS7",Ncor=1,out.dir=NULL) ASdb head(slot(ASdb,"Ratio")$"ASS") ################################################### ### code chunk number 9: sQTLsFinder function ################################################### ASdb <- sQTLsFinder(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp, Total.snplocus=samplesnplocus,method="lm",Ncor=1) ASdb head(slot(ASdb,"sQTLs")$"ASS") ################################################### ### code chunk number 10: Multi-threds function (eval = FALSE) ################################################### ## ASdb <- Splicingfinder(GTFdb=sample.Txdb,calGene=NULL,Ncor=4) ## ASdb <- RatioFromFPKM(GTFdb=sample.Txdb,ASdb=ASdb,Total.expdata=sampleexp,Ncor=4) ## ASdb <- sQTLsFinder(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp, ## Total.snplocus=samplesnplocus,method="lm",Ncor = 4) ## ASdb ################################################### ### code chunk number 11: saveBplot function ################################################### saveBplot(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp,Total.snplocus=samplesnplocus, CalIndex="ASS7",out.dir="./result") ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### sessionInfo()