### R code from vignette source 'EBSEA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load ################################################### library(EBSEA) data("origCounts") head(origCounts) ################################################### ### code chunk number 2: EBSEA ################################################### group <- c('Group1', 'Group1', 'Group1', 'Group2', 'Group2', 'Group2', 'Group2') result <- EBSEA(origCounts, group, plot = TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: table ################################################### result$ExonTable <- result$ExonTable[order(result$ExonTable$GeneExon), ] ################################################### ### code chunk number 4: exontable ################################################### head(result$ExonTable) ################################################### ### code chunk number 5: genetable ################################################### head(result$GeneTable) ################################################### ### code chunk number 6: gene ################################################### visualizeGenes('FBgn0000064', result)