### R code from vignette source 'cfassay.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: cfassay.Rnw:66-69 ################################################### library(CFAssay) datatab <- read.table(system.file("doc", "expl1_cellsurvcurves.txt", package="CFAssay"), header=TRUE, sep="\t") ################################################### ### code chunk number 2: cfassay.Rnw:73-75 ################################################### names(datatab) head(datatab, 3) # First 3 lines ################################################### ### code chunk number 3: cfassay.Rnw:79-83 (eval = FALSE) ################################################### ## dim(datatab) ## table(datatab$cline) ## table(datatab$cline, datatab$Exp) ## table(datatab$cline, datatab$dose) ################################################### ### code chunk number 4: cfassay.Rnw:88-92 ################################################### X <- subset(datatab, cline=="okf6TERT1") dim(X) fit <- cellsurvLQfit(X) print(fit) ################################################### ### code chunk number 5: fig1 ################################################### plot(fit) S0 <- pes(X)$S0 names(S0) <- pes(X)$Exp sfpmean(X, S0) ################################################### ### code chunk number 6: cfassay.Rnw:106-109 (eval = FALSE) ################################################### ## pdf("okf6TERT1_experimental_plots.pdf") ## plotExp(fit) ## dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: cfassay.Rnw:113-119 (eval = FALSE) ################################################### ## X <- subset(datatab, cline=="cal33") ## dim(X) ## fit <- cellsurvLQfit(X) ## print(fit) ## plot(fit) ## plotExp(fit) ################################################### ### code chunk number 8: cfassay.Rnw:125-127 ################################################### fitcomp <- cellsurvLQdiff(datatab, curvevar="cline") print(fitcomp) ################################################### ### code chunk number 9: fig2 ################################################### plot(cellsurvLQfit(subset(datatab, cline=="okf6TERT1")), col=1) plot(cellsurvLQfit(subset(datatab, cline=="cal33")), col=2, add=TRUE) legend(0, 0.02, c("OKF6/TERT1", "CAL 33"), text.col=1:2) ################################################### ### code chunk number 10: cfassay.Rnw:144-146 ################################################### datatab <- read.table(system.file("doc", "exp2_2waycfa.txt", package="CFAssay"), header=TRUE, sep="\t") ################################################### ### code chunk number 11: cfassay.Rnw:150-152 ################################################### names(datatab) head(datatab, 3) # First 3 lines ################################################### ### code chunk number 12: cfassay.Rnw:156-161 (eval = FALSE) ################################################### ## dim(datatab) ## table(datatab$x5fuCis) ## table(datatab$siRNA) ## table(datatab$Exp, datatab$x5fuCis) ## table(datatab$Exp, datatab$siRNA) ################################################### ### code chunk number 13: cfassay.Rnw:166-167 ################################################### fitcomp <- cfa2way(datatab, A="siRNA", B="x5fuCis", param="A/B") ################################################### ### code chunk number 14: cfassay.Rnw:171-172 ################################################### print(fitcomp, labels=c(A="siRNA", B="x5fuCis")) ################################################### ### code chunk number 15: cfassay.Rnw:176-179 (eval = FALSE) ################################################### ## pdf("TwoWay_experimental_plots.pdf") ## plotExp(fitcomp, labels=c(A="siRNA", B="x5fuCis")) ## dev.off()