### R code from vignette source 'Biostrings2Classes.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: a1 ################################################### library(Biostrings) b <- BString("I am a BString object") b length(b) ################################################### ### code chunk number 2: a2 ################################################### d <- DNAString("TTGAAAA-CTC-N") d length(d) ################################################### ### code chunk number 3: a3 ################################################### d[3] d[7:12] d[] b[length(b):1] ################################################### ### code chunk number 4: a4 ################################################### bb <- subseq(b, 3, 6) dd1 <- subseq(d, end=7) dd2 <- subseq(d, start=8) ################################################### ### code chunk number 5: a5 ################################################### toString(dd2) ################################################### ### code chunk number 6: b1 ################################################### bb == "am a" dd2 != DNAString("TG") ################################################### ### code chunk number 7: b2 ################################################### cat('> bb == ""') cat('> d == bb') ################################################### ### code chunk number 8: b3 ################################################### r <- RNAString(d) r r == d ################################################### ### code chunk number 9: c1 ################################################### v4 <- Views(dd2, start=3:0, end=5:8) v4 length(v4) ################################################### ### code chunk number 10: c3 ################################################### v4[4:2] ################################################### ### code chunk number 11: c4 ################################################### v4[[2]] ################################################### ### code chunk number 12: c6 ################################################### cat('> v4[[3]]') cat(try(v4[[3]], silent=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 13: c7 ################################################### v4[-3] v4[c(TRUE, FALSE)] ################################################### ### code chunk number 14: d1 ################################################### v12 <- Views(DNAString("TAATAATG"), start=-2:9, end=0:11) ################################################### ### code chunk number 15: d2 ################################################### as(d, "Views") ################################################### ### code chunk number 16: d3 ################################################### as(d, "Views")[[1]] ################################################### ### code chunk number 17: d4 ################################################### v12[0] v12[FALSE] Views(d) ################################################### ### code chunk number 18: e1 ################################################### v12 == DNAString("TAA") ################################################### ### code chunk number 19: e2 ################################################### v12[v12 == v12[4]] v12[v12 == v12[1]] ################################################### ### code chunk number 20: e2 ################################################### v12[3] == Views(RNAString("AU"), start=0, end=2) ################################################### ### code chunk number 21: f1 ################################################### start(v4) end(v4) width(v4)