### R code from vignette source 'vignettes/ceu1kg/inst/doc/ceu1kg.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkd ################################################### library(ceu1kg) dir(system.file("parts", package="ceu1kg")) lk = load(dir(system.file("parts", package="ceu1kg"),full=TRUE)[1]) c1gt = get(lk) c1gt ################################################### ### code chunk number 2: lkm ################################################### library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109) if (!exists("c1loc")) c1loc = getSNPlocs("ch1", as.GRanges=TRUE) c1loc rsn1 = paste("rs", elementMetadata(c1loc)$RefSNP_id, sep="") length(intersect(rsn1, colnames(c1gt))) ext1 = grep("chr", colnames(c1gt)) ext1 = as.numeric(gsub("chr1:", "", colnames(c1gt)[ext1])) length(intersect(ext1, start(c1loc))) ################################################### ### code chunk number 3: lkg (eval = FALSE) ################################################### ## c20 = getSS("ceu1kg", "chr20") ## c20 ################################################### ### code chunk number 4: dodo ################################################### data(eset) # assume ceu1kg is first in line, yields ex in global c1m = c1gt[sampleNames(ex),] c1ss = make_smlSet( ex, list(chr1=c1m) ) c1ss ################################################### ### code chunk number 5: lks ################################################### sessionInfo()