### R code from vignette source 'vignettes/lumi/inst/doc/IlluminaAnnotation.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Loading required libraries ################################################### library(lumi) library(annotate) # library(lumiHumanAll.db) ################################################### ### code chunk number 2: IlluminaAnnotation.Rnw:67-72 ################################################### ## provide an arbitrary nucleotide sequence as an example seq <- 'ACGTAAATTTCAGTTTAAAACCCCCCG' ## create a nuID for it id <- seq2id(seq) print(id) ################################################### ### code chunk number 3: IlluminaAnnotation.Rnw:77-78 ################################################### id2seq(id) ################################################### ### code chunk number 4: IlluminaAnnotation.Rnw:83-84 ################################################### is.nuID(id) ################################################### ### code chunk number 5: IlluminaAnnotation.Rnw:88-89 ################################################### is.nuID('adfqeqe') ################################################### ### code chunk number 6: IlluminaAnnotation.Rnw:118-120 ################################################### if (require(lumiHumanIDMapping)) lumiHumanIDMapping() ################################################### ### code chunk number 7: IlluminaAnnotation.Rnw:124-129 ################################################### ## Load Illumina example data in lumi package data(example.lumi) ## Match the chip information of this example data if (require(lumiHumanIDMapping)) getChipInfo(example.lumi, species='Human') ################################################### ### code chunk number 8: IlluminaAnnotation.Rnw:150-152 ################################################### if (require(lumiHumanIDMapping)) lumiHumanIDMapping_nuID() ################################################### ### code chunk number 9: IlluminaAnnotation.Rnw:156-160 ################################################### nuIDs <- featureNames(example.lumi) ## return all mapping information if (require(lumiHumanIDMapping)) nuID2RefSeqID(nuIDs[1:10], lib.mapping='lumiHumanIDMapping') ################################################### ### code chunk number 10: IlluminaAnnotation.Rnw:164-166 ################################################### if (require(lumiHumanIDMapping)) nuID2EntrezID(nuIDs[1:10], lib.mapping='lumiHumanIDMapping') ################################################### ### code chunk number 11: IlluminaAnnotation.Rnw:170-174 ################################################### if (require(lumiHumanIDMapping)) { mappingInfo <- nuID2RefSeqID(nuIDs[1:10], lib.mapping='lumiHumanIDMapping', returnAllInfo =TRUE) head(mappingInfo) } ################################################### ### code chunk number 12: IlluminaAnnotation.Rnw:188-192 ################################################### data(example.lumi) nuIDs <- featureNames(example.lumi) if (require(lumiHumanAll.db)) getSYMBOL(nuIDs[1:3], 'lumiHumanAll.db') ################################################### ### code chunk number 13: IlluminaAnnotation.Rnw:196-198 ################################################### if (require(lumiHumanAll.db)) getEG(nuIDs[1:3], 'lumiHumanAll.db') ################################################### ### code chunk number 14: IlluminaAnnotation.Rnw:202-206 ################################################### if (require(lumiHumanAll.db)) { goInfo <- getGO(nuIDs[1], 'lumiHumanAll.db') goInfo[[1]][[1]] } ################################################### ### code chunk number 15: IlluminaAnnotation.Rnw:210-212 ################################################### if (require(lumiHumanAll.db)) lookUp(nuIDs[1:3], "lumiHumanAll.db", what="SYMBOL") ################################################### ### code chunk number 16: IlluminaAnnotation.Rnw:216-218 ################################################### if (require(lumiHumanAll.db)) ls('package:lumiHumanAll.db')