### R code from vignette source 'vignettes/marray/inst/doc/marrayNorm.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: marrayNorm.Rnw:293-296 ################################################### library("marray", verbose=FALSE) data(swirl) maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384) ################################################### ### code chunk number 2: marrayNorm.Rnw:314-316 ################################################### swirl.norm <- maNorm(swirl, norm="p") summary(swirl.norm) ################################################### ### code chunk number 3: marrayNorm.Rnw:340-342 (eval = FALSE) ################################################### ## swirl.norm1 <- maNorm(swirl, norm="p") ## swirl.norm2 <- maNormScale(swirl.norm1, norm="p") ################################################### ### code chunk number 4: maBoxplot1pre ################################################### boxplot(swirl[,3], xvar="maPrintTip", yvar="maM", main="Swirl array 93: pre--normalization") ################################################### ### code chunk number 5: maBoxplot2pre ################################################### boxplot(swirl, yvar="maM", main="Swirl arrays: pre--normalization") ################################################### ### code chunk number 6: maBoxplot1post ################################################### boxplot(swirl.norm[,3], xvar="maPrintTip", yvar="maM", main="Swirl array 93: post--normalization") ################################################### ### code chunk number 7: maBoxplot2post ################################################### boxplot(swirl.norm, yvar="maM", main="Swirl arrays: post--normalization") ################################################### ### code chunk number 8: maPlot1pre ################################################### plot(swirl[,3], main="Swirl array 93: pre--normalization MA--plot") ################################################### ### code chunk number 9: maPlot1post ################################################### plot(swirl.norm[,3], main="Swirl array 93: post--normalization MA--plot")