### R code from vignette source 'vignettes/annotate/inst/doc/useHomology.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadAndListPackages ################################################### library("hom.Hs.inp.db") ls("package:hom.Hs.inp.db") ################################################### ### code chunk number 2: listMapping ################################################### as.list(hom.Hs.inpMUSMU)[1:4] ################################################### ### code chunk number 3: mapGeneExample ################################################### # load the organism annotation data for human library(org.Hs.eg.db) # get the entrex gene ID for gene symbol "MSX2" mget("MSX2", org.Hs.egSYMBOL2EG) # get the ensembl protein ID for the entrez gene ID "4488" mget("4488", org.Hs.egENSEMBLPROT) # use the inparanoid package to get the mouse gene that is considered # equivalent to ensembl protein ID "ENSP00000239243" mget("ENSP00000239243", hom.Hs.inpMUSMU) # load the organism annotation data for mouse library(org.Mm.eg.db) # get the entrez gene ID for Jackson labs ID "MGI:97169" mget("MGI:97169", org.Mm.egMGI2EG) # finally get the gene symbol for entrez gene ID "17702" from mouse mget("17702", org.Mm.egSYMBOL) ################################################### ### code chunk number 4: seedPairExample ################################################### mget("ENSP00000301011", hom.Hs.inpMUSMU) ################################################### ### code chunk number 5: seedPairExample2 ################################################### # make a connection to the human database mycon <- hom.Hs.inp_dbconn() # make a list of all the tables that are available in the DB dbListTables(mycon) # make a list of the columns in the table of interest dbListFields(mycon, "mus_musculus") ################################################### ### code chunk number 6: seedPairExample3 ################################################### #make a query that will let us see which clust_id we need sql <- "SELECT * FROM mus_musculus WHERE inp_id = 'ENSP00000301011';" #retrieve the data dataOut <- dbGetQuery(mycon, sql) dataOut ################################################### ### code chunk number 7: seedPairExample4 ################################################### #make a query that will let us see all the data that is affiliated with a clust id sql <- "SELECT * FROM mus_musculus WHERE clust_id = '1731';" #retrieve the data dataOut <- dbGetQuery(mycon, sql) dataOut ################################################### ### code chunk number 8: useHomology.Rnw:257-258 ################################################### toLatex(sessionInfo())