### R code from vignette source 'vignettes/affypdnn/inst/doc/affypdnn.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: citation ################################################### citation(package="affypdnn") ################################################### ### code chunk number 2: init ################################################### library(affypdnn) ################################################### ### code chunk number 3: afbatch ################################################### library(affydata) data(Dilution) afbatch <- Dilution ################################################### ### code chunk number 4: hgu95av2Params ################################################### data(hgu95av2.pdnn.params) params.chiptype <- hgu95av2.pdnn.params ################################################### ### code chunk number 5: energyFiles ################################################### dir(system.file("exampleData", package="affypdnn")) ################################################### ### code chunk number 6: experimentSpecific ################################################### data("params.dilution", package="affypdnn") params <- params.dilution rm(params.dilution) ################################################### ### code chunk number 7: pmLevel ################################################### ppset.name <- c("41206_r_at", "31620_at") ppset <- probeset(afbatch, ppset.name) ################################################### ### code chunk number 8: pmLevelPlot ################################################### par(mfrow=c(2,2)) for (i in 1:2) { probes.pdnn <- pmcorrect.pdnnpredict(ppset[[i]], params, params.chiptype = params.chiptype) plot(ppset[[i]], main=paste(ppset.name[i], "\n(raw intensities)")) matplotProbesPDNN(probes.pdnn, main = paste(ppset.name[i], "\n(predicted intensities)")) } ################################################### ### code chunk number 9: expressopdnn ################################################### ids <- ls(getCdfInfo(afbatch))[1:10] eset <- expressopdnn(afbatch, bg.correct = FALSE, normalize = FALSE, findparams.param = list(params.chiptype = params.chiptype, give.warnings=FALSE), summary.subset=ids)