### R code from vignette source 'vignettes/ADaCGH2/inst/doc/ADaCGH2.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: ADaCGH2.Rnw:74-75 ################################################### library(ADaCGH2) ################################################### ### code chunk number 2: ADaCGH2.Rnw:80-81 ################################################### options(width = 70) ################################################### ### code chunk number 3: ADaCGH2.Rnw:96-100 ################################################### if(!file.exists("ADaCGH2_vignette_tmp_dir")) dir.create("ADaCGH2_vignette_tmp_dir") originalDir <- getwd() setwd("ADaCGH2_vignette_tmp_dir") ################################################### ### code chunk number 4: ADaCGH2.Rnw:117-121 ################################################### fname <- list.files(path = system.file("data", package = "ADaCGH2"), full.names = TRUE, pattern = "inputEx1") tableChromArray <- inputDataToADaCGHData(filename = fname) tableChromArray ################################################### ### code chunk number 5: ADaCGH2.Rnw:139-147 (eval = FALSE) ################################################### ## ## require(multicore) ## parallel(inputDataToADaCGHData(filename = fname), silent = FALSE) ## tableChromArray <- collect()[[1]] ## if(inherits(tableChromArray, "try-error")) { ## stop("ERROR in input data conversion") ## } ## ################################################### ### code chunk number 6: ADaCGH2.Rnw:164-165 ################################################### snowfallInit(universeSize = 2, typecluster = "SOCK") ################################################### ### code chunk number 7: ADaCGH2.Rnw:174-175 (eval = FALSE) ################################################### ## help(pSegment) ################################################### ### code chunk number 8: ADaCGH2.Rnw:179-181 ################################################### hs_mad.out <- pSegmentHaarSeg("cghData.RData", "chromData.RData", merging = "MAD") ################################################### ### code chunk number 9: ADaCGH2.Rnw:188-190 ################################################### lapply(hs_mad.out, open) summary(hs_mad.out[[1]][,]) ################################################### ### code chunk number 10: ADaCGH2.Rnw:202-210 ################################################### save(hs_mad.out, file = "hs_mad.out.RData", compress = FALSE) pChromPlot(outRDataName = "hs_mad.out.RData", cghRDataName = "cghData.RData", chromRDataName = "chromData.RData", posRDataName = "posData.RData", probenamesRDataName = "probeNames.RData", imgheight = 350) ################################################### ### code chunk number 11: ADaCGH2.Rnw:226-232 ################################################### forcghr <- outputToCGHregions(hs_mad.out) if(require(CGHregions)) { regions1 <- CGHregions(forcghr) regions1 } ################################################### ### code chunk number 12: ADaCGH2.Rnw:262-283 ################################################### datadir <- system.file("testdata", package = "snapCGH") targets <- readTargets("targets.txt", path = datadir) RG1 <- read.maimages(targets$FileName, path = datadir, source = "genepix") RG1 <- read.clonesinfo("cloneinfo.txt", RG1, path = datadir) ## snapCGH-specific RG1$printer <- getLayout(RG1$genes) types <- readSpotTypes("SpotTypes.txt", path = datadir) RG1$genes$Status <- controlStatus(types, RG1) RG1$design <- c(-1, -1) RG2 <- backgroundCorrect(RG1, method = "minimum") ## class RGList MA <- normalizeWithinArrays(RG2, method = "median") ## class MAList class(MA) MA2 <- processCGH(MA, method.of.averaging = mean, ID = "ID") ## class SegList class(MA2) ################################################### ### code chunk number 13: ADaCGH2.Rnw:295-301 ################################################### tmp <- inputDataToADaCGHData(MAList = MA, na.omit = TRUE) tmp <- inputDataToADaCGHData(MAList = MA2, na.omit = TRUE, minNumPerChrom = 4) ################################################### ### code chunk number 14: ADaCGH2.Rnw:324-329 ################################################### targets.limma <- readTargets("targets.txt", path = datadir) RG.limma <- read.maimages(targets.limma, path = datadir, source="genepix") RG.limma <- backgroundCorrect(RG.limma, method="normexp", offset=50) MA.limma <- normalizeWithinArrays(RG.limma) ################################################### ### code chunk number 15: ADaCGH2.Rnw:340-347 ################################################### fclone <- list.files(path = system.file("testdata", package = "snapCGH"), full.names = TRUE, pattern = "cloneinfo.txt") fclone tmp <- inputDataToADaCGHData(MAList = MA.limma, cloneinfo = fclone, na.omit = TRUE) ################################################### ### code chunk number 16: ADaCGH2.Rnw:356-362 ################################################### acloneinfo <- MA$genes tmp <- inputDataToADaCGHData(MAList = MA.limma, cloneinfo = acloneinfo, na.omit = TRUE) ################################################### ### code chunk number 17: ADaCGH2.Rnw:374-389 ################################################### sfStop() load("chromData.RData") load("posData.RData") load("cghData.RData") delete(cghData); rm(cghData) delete(posData); rm(posData) delete(chromData); rm(chromData) lapply(hs_mad.out, delete) rm(hs_mad.out) setwd(originalDir) print(getwd()) Sys.sleep(3) ################################################### ### code chunk number 18: ADaCGH2.Rnw:393-396 ################################################### unlink("ADaCGH2_vignette_tmp_dir", recursive = TRUE) print(dir()) Sys.sleep(3)