### R code from vignette source 'RmiR.Hs.miRNA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Setup ################################################### library(RmiR.Hs.miRNA) dbListTables(RmiR.Hs.miRNA_dbconn()) ################################################### ### code chunk number 2: SQL ################################################### dbGetQuery( RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "SELECT * FROM tarbase WHERE mature_miRNA='hsa-miR-21'") ################################################### ### code chunk number 3: mult_tarbase (eval = FALSE) ################################################### ## tarbase <-dbReadTable(RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "tarbase")[, 1:2] ## tarb_mir <- sort(table(tarbase$mature_miRNA), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(tarb_mir))), y=tarb_mir, ## ylab="miRNA targets", xlab="log2 (rank of miRNA)") ################################################### ### code chunk number 4: coop_tarbase (eval = FALSE) ################################################### ## tarb_gene <- sort(table(tarbase$gene_id), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(tarb_gene))), y=tarb_gene, ## ylab="target sites", xlab="log2 (rank of genes)") ################################################### ### code chunk number 5: plot1 (eval = FALSE) ################################################### ## tarbase <-dbReadTable(RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "tarbase")[, 1:2] ## tarb_mir <- sort(table(tarbase$mature_miRNA), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(tarb_mir))), y=tarb_mir, ## ylab="miRNA targets", xlab="log2 (rank of miRNA)") ## tarb_gene <- sort(table(tarbase$gene_id), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(tarb_gene))), y=tarb_gene, ## ylab="target sites", xlab="log2 (rank of genes)") ################################################### ### code chunk number 6: mult_targetscan (eval = FALSE) ################################################### ## targetscan <-dbReadTable(RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "targetscan")[, 1:2] ## targ_mir <- sort(table(targetscan$mature_miRNA), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(targ_mir))), y=targ_mir, ## ylab="miRNA targets", xlab="log2 (rank of miRNA)") ################################################### ### code chunk number 7: coop_targetscan (eval = FALSE) ################################################### ## targ_gene <- sort(table(targetscan$gene_id), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(targ_gene))), y=targ_gene, ## ylab="target sites", xlab="log2 (rank of genes)") ################################################### ### code chunk number 8: plot2 (eval = FALSE) ################################################### ## targetscan <-dbReadTable(RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "targetscan")[, 1:2] ## targ_mir <- sort(table(targetscan$mature_miRNA), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(targ_mir))), y=targ_mir, ## ylab="miRNA targets", xlab="log2 (rank of miRNA)") ## targ_gene <- sort(table(targetscan$gene_id), decreasing=T) ## plot(x=log2(c(1:length(targ_gene))), y=targ_gene, ## ylab="target sites", xlab="log2 (rank of genes)") ################################################### ### code chunk number 9: lists ################################################### mirna <- c("hsa-miR-148b", "hsa-miR-27b", "hsa-miR-25","hsa-miR-181a", "hsa-miR-27a", "hsa-miR-7", "hsa-miR-32", "hsa-miR-32", "hsa-miR-7") genes <- c("A_23_P171258", "A_23_P150053", "A_23_P150053", "A_23_P150053", "A_23_P202435", "A_24_P90097", "A_23_P127948") ################################################### ### code chunk number 10: evalDBs ################################################### targetscan <-dbReadTable(RmiR.Hs.miRNA_dbconn(), "targetscan")[, 1:2] ################################################### ### code chunk number 11: simpleList ################################################### mirs <- targetscan[targetscan$mature_miRNA%in%mirna, ] nrow(mirs) mirs[1:10,] library(hgug4112a.db) targs <- targetscan[targetscan$gene_id%in%mget(genes, hgug4112aENTREZID), ] nrow(targs) targs[1:10, ]