### R code from vignette source 'viper.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: viper.Rnw:68-73 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("mixtools") ## BiocManager::install("bcellViper") ## BiocManager::install("viper") ################################################### ### code chunk number 2: viper.Rnw:79-80 ################################################### library(viper) ################################################### ### code chunk number 3: viper.Rnw:95-98 ################################################### data(bcellViper, package="bcellViper") adjfile <- system.file("aracne", "bcellaracne.adj", package = "bcellViper") regul <- aracne2regulon(adjfile, dset, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: viper.Rnw:100-101 ################################################### print(regul) ################################################### ### code chunk number 5: viper.Rnw:118-119 ################################################### signature <- rowTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N") ################################################### ### code chunk number 6: viper.Rnw:125-127 ################################################### signature <- (qnorm(signature$p.value/2, lower.tail = FALSE) * sign(signature$statistic))[, 1] ################################################### ### code chunk number 7: viper.Rnw:135-137 ################################################### nullmodel <- ttestNull(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", per = 1000, repos = TRUE, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: viper.Rnw:145-146 ################################################### regulon ################################################### ### code chunk number 9: viper.Rnw:151-152 ################################################### mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: viper.Rnw:157-158 ################################################### summary(mrs) ################################################### ### code chunk number 11: msviper ################################################### plot(mrs, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 12: viper.Rnw:180-182 ################################################### mrs <- ledge(mrs) summary(mrs) ################################################### ### code chunk number 13: viper.Rnw:192-194 ################################################### signature <- bootstrapTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", verbose = FALSE) mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 14: viper.Rnw:198-199 ################################################### mrs <- bootstrapmsviper(mrs, "mode") ################################################### ### code chunk number 15: bsmsviper ################################################### plot(mrs, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 16: viper.Rnw:220-221 ################################################### mrshadow <- shadow(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: viper.Rnw:226-227 ################################################### summary(mrshadow) ################################################### ### code chunk number 18: viper.Rnw:236-237 ################################################### mrs <- msviperCombinatorial(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: viper.Rnw:241-242 ################################################### mrs <- msviperSynergy(mrs, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 20: synmsviper ################################################### summary(mrs) plot(mrs, 25, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 21: viper.Rnw:264-265 ################################################### vpres <- viper(dset, regulon, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 22: viper.Rnw:269-270 ################################################### dim(vpres) ################################################### ### code chunk number 23: viper.Rnw:274-277 ################################################### tmp <- rowTtest(vpres, "description", c("CB", "CC"), "N") data.frame(Gene = rownames(tmp$p.value), t = round(tmp$statistic, 2), "p-value" = signif(tmp$p.value, 3))[order(tmp$p.value)[1:10], ] ################################################### ### code chunk number 24: viper.Rnw:288-290 ################################################### vpsig <- viperSignature(dset, "description", "N", verbose = FALSE) vpres <- viper(vpsig, regulon, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 25: euviper ################################################### pos <- pData(vpres)[["description"]] %in% c("M", "CB", "CC") d1 <- exprs(vpres)[, pos] colnames(d1) <- pData(vpres)[["description"]][pos] dd <- dist(t(d1), method = "euclidean") heatmap(as.matrix(dd), Rowv = as.dendrogram(hclust(dd, method = "average")), symm = T) ################################################### ### code chunk number 26: viper.Rnw:314-315 ################################################### dd <- viperSimilarity(d1) ################################################### ### code chunk number 27: sigviper ################################################### heatmap(as.matrix(as.dist(dd)), Rowv = as.dendrogram(hclust(as.dist(dd), method = "average")), symm = T)