### R code from vignette source 'Overview.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: Overview.Rnw:70-71 ################################################### library(pathifier) ################################################### ### code chunk number 2: Overview.Rnw:77-78 ################################################### data(Sheffer) ################################################### ### code chunk number 3: Overview.Rnw:84-85 ################################################### data(KEGG) ################################################### ### code chunk number 4: Overview.Rnw:91-94 ################################################### PDS<-quantify_pathways_deregulation(sheffer$data, sheffer$allgenes, kegg$gs, kegg$pathwaynames, sheffer$normals, attempts = 100, min_exp=sheffer$minexp, min_std=sheffer$minstd) ################################################### ### code chunk number 5: Overview.Rnw:100-105 ################################################### x<-NULL x$normals<-PDS$scores$MISMATCH_REPAIR[sheffer$normals] x$tumors<-PDS$scores$MISMATCH_REPAIR[!sheffer$normals] boxplot(x) boxplot(x,ylab="score") ################################################### ### code chunk number 6: Overview.Rnw:109-110 ################################################### as.character(sheffer$samples[PDS$scores$REGULATION_OF_AUTOPHAGY>0.8])