### R code from vignette source 'immunoClust.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: stage0 ################################################### library(immunoClust) ################################################### ### code chunk number 3: stage1data ################################################### data(dat.fcs) dat.fcs ################################################### ### code chunk number 4: stage1cluster ################################################### pars=c("FSC-A","SSC-A","FITC-A","PE-A","APC-A","APC-Cy7-A","Pacific Blue-A") res.fcs <- cell.process(dat.fcs, parameters=pars) ################################################### ### code chunk number 5: stage1summary ################################################### summary(res.fcs) ################################################### ### code chunk number 6: stage1bias ################################################### res2 <- cell.process(dat.fcs, bias=0.25) summary(res2) ################################################### ### code chunk number 7: stage1trans ################################################### dat.transformed <- trans.ApplyToData(res.fcs, dat.fcs) ################################################### ### code chunk number 8: stage1splom ################################################### splom(res.fcs, dat.transformed, N=1000) ################################################### ### code chunk number 9: stage1plot ################################################### plot(res.fcs, data=dat.transformed, subset=c(1,2)) ################################################### ### code chunk number 10: stage2data ################################################### data(dat.exp) meta<-meta.process(dat.exp, meta.bias=0.3, scatter.subset=c(1,2)) ################################################### ### code chunk number 11: stage2splom ################################################### splom(meta$res.clusters, meta$dat.clusters$M, ellipse=TRUE) ################################################### ### code chunk number 12: stage2plot ################################################### plot(meta$res.scatter, data=meta$dat.scatter$M) ################################################### ### code chunk number 13: stage2export ################################################### tbl <- meta.numEvents(meta, out.all=FALSE) tbl[,1:5] ################################################### ### code chunk number 14: stage2final ################################################### splom(meta$res.clusters, meta$dat.clusters$M, include=c(3,9,10,4,7,12), subset=3:7, ellipse=TRUE) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())