### R code from vignette source 'cn.farms.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: cn.farms.Rnw:38-52 ################################################### options(width = 80) set.seed(0) require(cn.farms) farmsVers <- packageDescription("cn.farms")$Version ## toy-data which is used for testing the vignette load(system.file("exampleData/normData.RData", package = "cn.farms")) load(system.file("exampleData/slData.RData", package = "cn.farms")) notes(experimentData(normData))$annotDir <- system.file("exampleData/annotation/pd.genomewidesnp.6/1.1.0", package = "cn.farms") cores <- 1 runtype <- "ff" npData <- slData ################################################### ### code chunk number 2: cn.farms.Rnw:221-235 ################################################### summaryMethod <- "Variational" summaryParam <- list() summaryParam$cyc <- c(10) callParam <- list(cores=cores, runtype=runtype) slData <- slSummarization(normData, summaryMethod=summaryMethod, summaryParam=summaryParam, callParam=callParam, summaryWindow="std") show(slData) assayData(slData)$intensity[1:6, 1:5] ## intensity values assayData(slData)$L_z[1:6, 1:5] ## relative values ################################################### ### code chunk number 3: cn.farms.Rnw:251-253 ################################################### combData <- combineData(slData, npData, runtype=runtype) show(combData) ################################################### ### code chunk number 4: cn.farms.Rnw:274-291 ################################################### windowMethod <- "std" windowParam <- list() windowParam$windowSize <- 5 windowParam$overlap <- TRUE summaryMethod <- "Variational" summaryParam <- list() summaryParam$cyc <- c(20) callParam <- list(cores=cores, runtype=runtype) mlData <- mlSummarization(slData, windowMethod =windowMethod, windowParam =windowParam, summaryMethod=summaryMethod, summaryParam =summaryParam, callParam =callParam) names(assayData(mlData)) assayData(mlData)$intensity[1:6, 1:5] assayData(mlData)$L_z[1:6, 1:5] ################################################### ### code chunk number 5: cn.farms.Rnw:298-306 ################################################### colnames(assayData(mlData)$L_z) <- sampleNames(mlData) segments <- dnaCopySf( x =assayData(mlData)$L_z[, 1:10], chrom =fData(mlData)$chrom, maploc =fData(mlData)$start, cores =cores, smoothing=FALSE) head(fData(segments)) ################################################### ### code chunk number 6: cn.farms.Rnw:790-791 ################################################### sessionInfo()