### R code from vignette source 'tr_2005_02.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: tr_2005_02.Rnw:42-50 ################################################### library(golubEsets) oldopt <- options(digits=3) on.exit( {options(oldopt)} ) options(width=70) if (interactive()) { options(error=recover) } set.seed(123) ################################################### ### code chunk number 2: tr_2005_02.Rnw:149-150 ################################################### library(adSplit) ################################################### ### code chunk number 3: tr_2005_02.Rnw:158-160 ################################################### library(golubEsets) data(Golub_Merge) ################################################### ### code chunk number 4: tr_2005_02.Rnw:184-190 ################################################### e <- exprs(Golub_Merge) vars <- apply(e, 1, var) e <- e[vars > quantile(vars,0.9),] diana2means(e) diana2means(e, return.cut=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: tr_2005_02.Rnw:199-201 ################################################### x <- diana2means(e, return.cut=TRUE) x$cut ################################################### ### code chunk number 6: tr_2005_02.Rnw:217-218 ################################################### adSplit(Golub_Merge, "GO:0006915", "hu6800") ################################################### ### code chunk number 7: tr_2005_02.Rnw:231-232 ################################################### adSplit(Golub_Merge, "GO:0007165", "hu6800") ################################################### ### code chunk number 8: tr_2005_02.Rnw:240-241 ################################################### adSplit(Golub_Merge, "GO:0007165", "hu6800", max.probes=7000) ################################################### ### code chunk number 9: tr_2005_02.Rnw:286-287 ################################################### EID2PSenv <- makeEID2PROBESenv(hu6800ENTREZID) ################################################### ### code chunk number 10: tr_2005_02.Rnw:293-294 ################################################### drawRandomPS(10, EID2PSenv, ls(EID2PSenv)) ################################################### ### code chunk number 11: tr_2005_02.Rnw:308-309 ################################################### scores <- randomDiana2means(20, exprs(Golub_Merge), "hu6800", ndraws = 1000) ################################################### ### code chunk number 12: tr_2005_02.Rnw:319-324 ################################################### scores2 <- randomDiana2means(20, exprs(Golub_Merge), "hu6800", ndraws = 1000, ignore.genes=5) par(mfrow=c(1,2)) hist(scores, nclass=30, main="", col="grey") hist(scores2, nclass=30, main="", col="grey") ################################################### ### code chunk number 13: tr_2005_02.Rnw:337-338 ################################################### glutamSplits <- adSplit(Golub_Merge, "KEGG:00251", "hu6800", B=1000) ################################################### ### code chunk number 14: tr_2005_02.Rnw:346-347 ################################################### print(glutamSplits) ################################################### ### code chunk number 15: tr_2005_02.Rnw:360-362 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, c("GO:0007165","GO:0006915"), "hu6800", max.probes=7000) print(x) ################################################### ### code chunk number 16: tr_2005_02.Rnw:378-379 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, "KEGG", "hu6800") ################################################### ### code chunk number 17: tr_2005_02.Rnw:381-382 ################################################### print(x) ################################################### ### code chunk number 18: tr_2005_02.Rnw:387-390 ################################################### data(golubKEGGSplits) print(golubKEGGSplits) summary(golubKEGGSplits$qvalues) ################################################### ### code chunk number 19: tr_2005_02.Rnw:421-423 ################################################### data(golubKEGGSplits) hist(golubKEGGSplits) ################################################### ### code chunk number 20: tr_2005_02.Rnw:437-438 ################################################### image(golubKEGGSplits, filter.fdr=0.3, outfile="splitSet.eps", res=300)