### R code from vignette source 'UNDO-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: packageLoad ################################################### library(UNDO) #load tumor stroma mixing tissue samples data(NumericalMixMCF7HS27) X <- NumericalMixMCF7HS27 #load mixing matrix for comparison data(NumericalMixingMatrix) A <- NumericalMixingMatrix ################################################### ### code chunk number 2: mixing matrix ################################################### A ################################################### ### code chunk number 3: Deconvolution ################################################### #load pure tumor stroma expressions data(PureMCF7HS27) S <- exprs(PureMCF7HS27) two_source_deconv(X,lowper=0.4,highper=0.1,epsilon1=0.01, epsilon2=0.01,A,S[,1],S[,2],return=0) ################################################### ### code chunk number 4: Scatterplot ################################################### # compute the estimated pure source expressions result <- two_source_deconv(X,lowper=0.4,highper=0.1,epsilon1=0.01, epsilon2=0.01,A,S[,1],S[,2],return=1) Sest <- result[[5]] #draw the scatter plots between pure and estimated expressions of #MCF7 and HS27 plot(S[,1],Sest[,1],main="MCF7" ,xlab="Estimated expression", ylab="Measured expression", xlim=c(0,15000), ylim=c(0,15000), pch=1, col="turquoise", cex=0.5) ################################################### ### code chunk number 5: Scatterplot2 ################################################### plot(S[,2],Sest[,2],main="HS27" ,xlab="Estimated expression", ylab="Measured expression", xlim=c(0,15000), ylim=c(0,15000), pch=1, col="turquoise", cex=0.5)