### R code from vignette source 'TIN.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: TIN.Rnw:60-61 ################################################### library(TIN) ################################################### ### code chunk number 2: TIN.Rnw:66-69 ################################################### data(splicingFactors) data(geneSets) data(geneAnnotation) ################################################### ### code chunk number 3: TIN.Rnw:82-84 ################################################### data(sampleSetFirmaScores) data(sampleSetGeneSummaries) ################################################### ### code chunk number 4: TIN.Rnw:92-93 ################################################### fs <- firmaAnalysis(useToyData=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: TIN.Rnw:104-105 ################################################### gs <- readGeneSummaries(useToyData=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: TIN.Rnw:114-115 ################################################### tra <- aberrantExonUsage(1.0, sampleSetFirmaScores) ################################################### ### code chunk number 7: TIN.Rnw:131-132 ################################################### aberrantExonsPerms <- probesetPermutations(sampleSetFirmaScores, quantiles) ################################################### ### code chunk number 8: TIN.Rnw:139-140 ################################################### corr <- correlation(splicingFactors, sampleSetGeneSummaries, tra) ################################################### ### code chunk number 9: TIN.Rnw:145-147 ################################################### gsc <- geneSetCorrelation(geneSets, geneAnnotation, sampleSetGeneSummaries, tra, 100) ################################################### ### code chunk number 10: TIN.Rnw:157-159 ################################################### clusterPlot(sampleSetGeneSummaries, tra, "euclidean", "complete", "TIN-cluster.pdf") ################################################### ### code chunk number 11: TIN.Rnw:164-165 ################################################### scatterPlot("TIN-scatter.pdf", TRUE, aberrantExons, aberrantExonsPerms) ################################################### ### code chunk number 12: TIN.Rnw:171-173 ################################################### correlationPlot("TIN-correlation.pdf", tra, sampleSetGeneSummaries, splicingFactors, 1000, 1000) ################################################### ### code chunk number 13: TIN.Rnw:180-182 ################################################### posNegCorrPlot("TIN-posNegCorrPlot.pdf", tra, sampleSetGeneSummaries, splicingFactors, 1000, 1000)