### R code from vignette source 'Rsubread.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Rsubread.Rnw:70-73 ################################################### library(Rsubread) ref <- system.file("extdata","reference.fa",package="Rsubread") buildindex(basename="reference_index",reference=ref) ################################################### ### code chunk number 2: Rsubread.Rnw:90-92 ################################################### reads <- system.file("extdata","reads.txt.gz",package="Rsubread") align.stat <- align(index="reference_index",readfile1=reads,output_file="alignResults.BAM",phredOffset=64) ################################################### ### code chunk number 3: Rsubread.Rnw:99-103 ################################################### reads1 <- system.file("extdata","reads1.txt.gz",package="Rsubread") reads2 <- system.file("extdata","reads2.txt.gz",package="Rsubread") align.stat2 <- align(index="reference_index",readfile1=reads1,readfile2=reads2, output_file="alignResultsPE.BAM",phredOffset=64) ################################################### ### code chunk number 4: Rsubread.Rnw:125-135 ################################################### ann <- data.frame( GeneID=c("gene1","gene1","gene2","gene2"), Chr="chr_dummy", Start=c(100,1000,3000,5000), End=c(500,1800,4000,5500), Strand=c("+","+","-","-"), stringsAsFactors=FALSE) ann fc_SE <- featureCounts("alignResults.BAM",annot.ext=ann) fc_SE ################################################### ### code chunk number 5: Rsubread.Rnw:142-144 ################################################### fc_PE <- featureCounts("alignResultsPE.BAM",annot.ext=ann,isPairedEnd=TRUE) fc_PE ################################################### ### code chunk number 6: Rsubread.Rnw:164-166 ################################################### x <- qualityScores(filename=reads,offset=64,nreads=1000) x[1:10,1:10] ################################################### ### code chunk number 7: Rsubread.Rnw:191-192 ################################################### propmapped("alignResults.BAM")