### R code from vignette source 'CancerMutationAnalysis.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LoadData ################################################### library(CancerMutationAnalysis) data(WoodBreast07) data(WoodColon07) data(JonesPancreas08) data(ParsonsGBM08) data(ParsonsMB11) ################################################### ### code chunk number 2: GeneAlter ################################################### head(GeneAlterGBM) ################################################### ### code chunk number 3: GeneCov ################################################### head(GeneCovGBM) ################################################### ### code chunk number 4: GeneSamp ################################################### head(GeneSampGBM) ################################################### ### code chunk number 5: CalcScores ################################################### ScoresGBM <- cma.scores(cma.alter = GeneAlterGBM, cma.cov = GeneCovGBM, cma.samp = GeneSampGBM, passenger.rates = BackRatesGBM["MedianRates",]) head(ScoresGBM) ################################################### ### code chunk number 6: FdrFig ################################################### set.seed(188310) FdrGBM <- cma.fdr(cma.alter = GeneAlterGBM, cma.cov = GeneCovGBM, cma.samp = GeneSampGBM, scores = "logLRT", passenger.rates = BackRatesGBM["MedianRates",], showFigure=TRUE, cutoffFdr=0.1, M = 5) head(FdrGBM[["logLRT"]]) ################################################### ### code chunk number 7: FdrFig-here ################################################### set.seed(188310) FdrGBM <- cma.fdr(cma.alter = GeneAlterGBM, cma.cov = GeneCovGBM, cma.samp = GeneSampGBM, scores = "logLRT", passenger.rates = BackRatesGBM["MedianRates",], showFigure=TRUE, cutoffFdr=0.1, M = 5) head(FdrGBM[["logLRT"]]) ################################################### ### code chunk number 8: loadKEGGsets ################################################### library(KEGG.db) KEGGPATHID2EXTID ################################################### ### code chunk number 9: loadEntrezID2Name ################################################### data(EntrezID2Name) ################################################### ### code chunk number 10: GeneSet ################################################### as.character(KEGGPATHNAME2ID[c("Endometrial cancer", "Non-small cell lung cancer", "Alanine, aspartate and glutamate metabolism")]) SetResultsGBM <- cma.set.stat(cma.alter = GeneAlterGBM, cma.cov = GeneCovGBM, cma.samp = GeneSampGBM, GeneSets = KEGGPATHID2EXTID[c("hsa05213", "hsa05223", "hsa00250")], ID2name = EntrezID2Name, gene.method = FALSE, perm.null.method = TRUE, perm.null.het.method = FALSE, pass.null.method = TRUE, pass.null.het.method = FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: showGBMSetResults ################################################### SetResultsGBM ################################################### ### code chunk number 12: simDataSets ################################################### set.seed(831984) resultsSim <- cma.set.sim(cma.alter = GeneAlterGBM, cma.cov = GeneCovGBM, cma.samp = GeneSampGBM, GeneSets = KEGGPATHID2EXTID[c("hsa05213", "hsa05223", "hsa00250")], ID2name = EntrezID2Name, nr.iter = 2, pass.null = TRUE, perc.samples = c(75, 95), spiked.set.sizes = c(50), show.iter = TRUE, gene.method = FALSE, perm.null.method = TRUE, perm.null.het.method = FALSE, pass.null.method = TRUE, pass.null.het.method = FALSE) resultsSim slotNames(resultsSim) resultsSim@null.dist ################################################### ### code chunk number 13: extractSimMethod ################################################### extract.sims.method(resultsSim, "p.values.perm.null") ################################################### ### code chunk number 14: combineSims ################################################### combine.sims(resultsSim, resultsSim)