### R code from vignette source 'curatedBladderData_vignette.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(sva) ################################################### ### code chunk number 3: example1 ################################################### library(curatedBladderData) ################################################### ### code chunk number 4: example1tcgastep2 ################################################### data(package="curatedBladderData") ################################################### ### code chunk number 5: example1 ################################################### data(GSE89_eset) GSE89_eset ################################################### ### code chunk number 6: example2loadstep1 ################################################### source(system.file("extdata", "patientselection_all.config",package="curatedBladderData")) ls() ################################################### ### code chunk number 7: showls ################################################### sapply(ls(), get) ################################################### ### code chunk number 8: example2loadstep2 ################################################### source(system.file("extdata", "createEsetList.R", package = "curatedBladderData")) ################################################### ### code chunk number 9: example2loadstep3 ################################################### names(esets) ################################################### ### code chunk number 10: expand ################################################### expandProbesets <- function (eset, sep = "///") { x <- lapply(featureNames(eset), function(x) strsplit(x, sep)[[1]]) eset <- eset[order(sapply(x, length)), ] x <- lapply(featureNames(eset), function(x) strsplit(x, sep)[[1]]) idx <- unlist(sapply(1:length(x), function(i) rep(i, length(x[[i]])))) xx <- !duplicated(unlist(x)) idx <- idx[xx] x <- unlist(x)[xx] eset <- eset[idx, ] featureNames(eset) <- x eset } X <- GSE89_eset[head(grep("///", featureNames(GSE89_eset))),] exprs(X)[,1:3] exprs(expandProbesets(X))[,1:3] ################################################### ### code chunk number 11: heatmap ################################################### .esetsStats <- function(esets) { res <- lapply(varLabels(esets[[1]]), function(covar) unlist(sapply(esets, function(X) sum(!is.na(X[[covar]]))>0))) names(res) <- varLabels(esets[[1]]) do.call(rbind, res) } df.r <- .esetsStats(esets) M <- as.matrix(apply(df.r,c(1,2),ifelse,0,1)) colnames(M) <- gsub("_eset$", "", colnames(M)) # no need to show the sample ids M <- M[-(1:2),] heatmap(M[nrow(M):1,],scale="none",margins=c(8,10),Rowv=NA) ################################################### ### code chunk number 12: esetToTableFuns ################################################### source(system.file("extdata", "summarizeEsets.R", package = "curatedBladderData")) ################################################### ### code chunk number 13: esettable ################################################### summary.table <- t(sapply(esets, getEsetData, possible.stages=c("superficial", "invasive"), possible.histological_types=c("tcc","cis", "squamous"))) rownames(summary.table) <- sub("_eset", "", rownames(summary.table)) ################################################### ### code chunk number 14: writeesettable ################################################### (myfile <- tempfile()) write.table(summary.table, file=myfile, row.names=FALSE, quote=TRUE, sep=",") ################################################### ### code chunk number 15: xtable ################################################### library(xtable) print(xtable(summary.table[, c(2, 3, 4, 5, 7)], caption="Datasets provided by curatedBladderData.", table.placement="p", caption.placement="bottom"), floating.environment='sidewaystable') ################################################### ### code chunk number 16: simplygetdata (eval = FALSE) ################################################### ## library(curatedBladderData) ## library(affy) ## data(GSE89_eset) ## write.csv(exprs(GSE89_eset), file="GSE89_eset_exprs.csv") ## write.csv(pData(GSE89_eset), file="GSE89_eset_clindata.csv") ################################################### ### code chunk number 17: simplyseveraldatasets (eval = FALSE) ################################################### ## data.to.fetch <- c("GSE89_eset", "GSE37317_eset") ## for (onedata in data.to.fetch){ ## print(paste("Fetching", onedata)) ## data(list=onedata) ## write.csv(exprs(get(onedata)), file=paste(onedata, "_exprs.csv", sep="")) ## write.csv(pData(get(onedata)), file=paste(onedata, "_clindata.csv", sep="")) ## } ################################################### ### code chunk number 18: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())