### R code from vignette source 'Workflows-clustering.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Workflows-clustering.Rnw:35-42 ################################################### ## To save time in rebuilding the vignette, ## most of the processing and analysis is run ## beforehand and saved to be loaded later. library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) options(width=100) ################################################### ### code chunk number 3: Workflows-clustering.Rnw:57-59 ################################################### library(CardinalWorkflows) data(pig206, pig206_analyses) ################################################### ### code chunk number 4: ionimage256 (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206, mz=256) ################################################### ### code chunk number 5: Workflows-clustering.Rnw:79-80 ################################################### image(pig206, mz=256) ################################################### ### code chunk number 6: Workflows-clustering.Rnw:88-89 ################################################### summary(pig206) ################################################### ### code chunk number 7: Workflows-clustering.Rnw:111-112 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.norm <- normalize(pig206, method="tic") ################################################### ### code chunk number 8: Workflows-clustering.Rnw:124-125 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.peaklist <- peakPick(pig206.norm, pixel=seq(1, ncol(pig206), by=10), method="simple", SNR=6) ################################################### ### code chunk number 9: Workflows-clustering.Rnw:130-131 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.peaklist <- peakAlign(pig206.peaklist, ref=pig206.norm, method="diff", units="ppm", diff.max=200) ################################################### ### code chunk number 10: Workflows-clustering.Rnw:136-137 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.peaklist <- peakFilter(pig206.peaklist, method="freq", freq.min=ncol(pig206.peaklist) / 100) ################################################### ### code chunk number 11: Workflows-clustering.Rnw:142-143 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.peaks <- reduceDimension(pig206.norm, ref=pig206.peaklist, type="height") ################################################### ### code chunk number 12: Workflows-clustering.Rnw:146-147 ################################################### summary(pig206.peaks) ################################################### ### code chunk number 13: ionimage187 (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206, mz=187, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 14: ionimage284 (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206, mz=284, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 15: ionimage537 (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206, mz=537, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 16: Workflows-clustering.Rnw:185-186 ################################################### image(pig206, mz=187, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 17: Workflows-clustering.Rnw:193-194 ################################################### image(pig206, mz=284, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 18: Workflows-clustering.Rnw:201-202 ################################################### image(pig206, mz=537, contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 19: Workflows-clustering.Rnw:220-221 (eval = FALSE) ################################################### ## pig206.pca <- PCA(pig206.peaks, ncomp=5) ################################################### ### code chunk number 20: Workflows-clustering.Rnw:224-225 ################################################### summary(pig206.pca) ################################################### ### code chunk number 21: pcaimage (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, col.regions=risk.colors(100), layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 22: pcaplot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 23: Workflows-clustering.Rnw:246-247 ################################################### image(pig206.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, col.regions=risk.colors(100), layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 24: Workflows-clustering.Rnw:254-255 ################################################### plot(pig206.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 25: Workflows-clustering.Rnw:291-293 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1) ## pig206.skmg <- spatialKMeans(pig206.peaks, r=c(1,2), k=c(5,10), method="gaussian") ################################################### ### code chunk number 26: Workflows-clustering.Rnw:296-297 ################################################### summary(pig206.skmg) ################################################### ### code chunk number 27: Workflows-clustering.Rnw:302-304 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1) ## pig206.skma <- spatialKMeans(pig206.peaks, r=c(1,2), k=c(5,10), method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 28: Workflows-clustering.Rnw:307-308 ################################################### summary(pig206.skma) ################################################### ### code chunk number 29: skmgimage (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206.skmg, key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 30: skmaimage (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206.skma, key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 31: Workflows-clustering.Rnw:333-334 ################################################### image(pig206.skmg, key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 32: Workflows-clustering.Rnw:341-342 ################################################### image(pig206.skma, key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 33: skmgplot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.skmg, key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 34: skmaplot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.skma, key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 35: Workflows-clustering.Rnw:374-375 ################################################### plot(pig206.skmg, key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 36: Workflows-clustering.Rnw:382-383 ################################################### plot(pig206.skma, key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 37: Workflows-clustering.Rnw:424-427 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1) ## pig206.sscg <- spatialShrunkenCentroids(pig206.peaks, r=c(1,2), ## k=c(15,20), s=c(0,3,6,9), method="gaussian") ################################################### ### code chunk number 38: Workflows-clustering.Rnw:430-431 ################################################### summary(pig206.sscg) ################################################### ### code chunk number 39: Workflows-clustering.Rnw:436-439 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1) ## pig206.ssca <- spatialShrunkenCentroids(pig206.peaks, r=c(1,2), ## k=c(15,20), s=c(0,3,6,9), method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 40: Workflows-clustering.Rnw:442-443 ################################################### summary(pig206.ssca) ################################################### ### code chunk number 41: sscgimage (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206.sscg, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 42: sscaimage (eval = FALSE) ################################################### ## image(pig206.ssca, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 43: Workflows-clustering.Rnw:468-469 ################################################### image(pig206.sscg, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 44: Workflows-clustering.Rnw:476-477 ################################################### image(pig206.ssca, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 45: sscgplot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.sscg, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 46: sscaplot (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.ssca, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 47: Workflows-clustering.Rnw:512-513 ################################################### plot(pig206.sscg, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 48: Workflows-clustering.Rnw:520-521 ################################################### plot(pig206.ssca, model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 49: sscgtstat (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.sscg, mode="tstatistics", model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 50: sscatstat (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pig206.ssca, mode="tstatistics", model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 51: Workflows-clustering.Rnw:559-560 ################################################### plot(pig206.sscg, mode="tstatistics", model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 52: Workflows-clustering.Rnw:567-568 ################################################### plot(pig206.ssca, mode="tstatistics", model=list(r=2, s=c(0,6)), key=FALSE, layout=c(2,2), type=c('p', 'h'), pch=20) ################################################### ### code chunk number 53: Workflows-clustering.Rnw:580-581 ################################################### topLabels(pig206.sscg, n=20) ################################################### ### code chunk number 54: Workflows-clustering.Rnw:586-587 ################################################### topLabels(pig206.sscg, model=list(r=2, s=6, k=20), filter=list(classes=5)) ################################################### ### code chunk number 55: sscnumsegments (eval = FALSE) ################################################### ## plot(summary(pig206.sscg), main="Number of segments") ################################################### ### code chunk number 56: sscchosenseg (eval = FALSE) ################################################### ## mycol <- c(internal1="#FD9827", back="#42FD24", internal2="#1995FC", brain="#FC23D9", liver="#3524FB", heart="#FC0D1B", bg="#CDFD34") ## image(pig206.sscg, model=list(r=2, k=20, s=6), key=FALSE, col=mycol, main="Selected segmentation") ################################################### ### code chunk number 57: Workflows-clustering.Rnw:618-619 ################################################### plot(summary(pig206.sscg), main="Number of segments") ################################################### ### code chunk number 58: Workflows-clustering.Rnw:626-627 ################################################### mycol <- c(internal1="#FD9827", back="#42FD24", internal2="#1995FC", brain="#FC23D9", liver="#3524FB", heart="#FC0D1B", bg="#CDFD34") image(pig206.sscg, model=list(r=2, k=20, s=6), key=FALSE, col=mycol, main="Selected segmentation") ################################################### ### code chunk number 59: Workflows-clustering.Rnw:648-655 ################################################### summaryPlots <- function(dataset, results, model, segment, name, col) { image(results, model=model, key=FALSE, column=segment, main=name, layout=c(3,2), col=col) plot(results, model=model, key=FALSE, column=segment, mode="centers", main="Shrunken mean spectrum", col=col) plot(results, model=model, key=FALSE, column=segment, mode="tstatistics", main="Shrunken t-statistics", col=col) top <- topLabels(results, n=3, model=model, filter=list(classes=segment)) image(dataset, mz=top$mz, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") } ################################################### ### code chunk number 60: sscgliver (eval = FALSE) ################################################### ## summaryPlots(pig206, pig206.sscg, model=list(r=2, s=6, k=20), segment=5, name="Liver segment", col=mycol) ################################################### ### code chunk number 61: Workflows-clustering.Rnw:667-668 ################################################### summaryPlots(pig206, pig206.sscg, model=list(r=2, s=6, k=20), segment=5, name="Liver segment", col=mycol) ################################################### ### code chunk number 62: sscgheart (eval = FALSE) ################################################### ## summaryPlots(pig206, pig206.sscg, model=list(r=2, s=6, k=20), segment=6, name="Heart segment", col=mycol) ################################################### ### code chunk number 63: Workflows-clustering.Rnw:686-687 ################################################### summaryPlots(pig206, pig206.sscg, model=list(r=2, s=6, k=20), segment=6, name="Heart segment", col=mycol) ################################################### ### code chunk number 64: Workflows-clustering.Rnw:722-723 ################################################### data(cardinal, cardinal_analyses) ################################################### ### code chunk number 65: Workflows-clustering.Rnw:729-730 (eval = FALSE) ################################################### ## cardinal.norm <- normalize(cardinal, method="tic") ################################################### ### code chunk number 66: Workflows-clustering.Rnw:736-743 (eval = FALSE) ################################################### ## cardinal.peaklist <- peakPick(cardinal.norm, pixel=seq(1, ncol(cardinal), by=10), method="simple", SNR=6) ## ## cardinal.peaklist <- peakAlign(cardinal.peaklist, ref=cardinal.norm, method="diff", units="ppm", diff.max=200) ## ## cardinal.peaklist <- peakFilter(cardinal.peaklist, method="freq", freq.min=ncol(cardinal.peaklist) / 100) ## ## cardinal.peaks <- reduceDimension(cardinal.norm, ref=cardinal.peaklist, type="height") ################################################### ### code chunk number 67: Workflows-clustering.Rnw:749-754 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1) ## cardinal.sscg <- spatialShrunkenCentroids(cardinal.peaks, r=c(1,2), k=c(10,15), s=c(0,3,6,9), method="gaussian") ## ## set.seed(1) ## cardinal.ssca <- spatialShrunkenCentroids(cardinal.peaks, r=c(1,2), k=c(10,15), s=c(0,3,6,9), method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 68: cardinalchooseg ################################################### plot(summary(cardinal.sscg)) ################################################### ### code chunk number 69: cardinalchoosea ################################################### plot(summary(cardinal.ssca)) ################################################### ### code chunk number 70: cardinalsscg (eval = FALSE) ################################################### ## mycol <- c("#5C605C", "#4D2C36", "#A1A1A1", "#999999", "#B02020", "#1B1B1B", "#901010", "#906565") ## ## image(cardinal.sscg, model=list(r=1, k=10, s=3), key=FALSE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 71: cardinalssca (eval = FALSE) ################################################### ## mycol <- c("#1B1B1B", "#A1A1A1", "#906565", "#999999", "#B02020", "#901010", "#5C605C", "#4D2C36") ## ## image(cardinal.ssca, model=list(r=2, k=10, s=3), key=FALSE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 72: Workflows-clustering.Rnw:800-801 ################################################### mycol <- c("#5C605C", "#4D2C36", "#A1A1A1", "#999999", "#B02020", "#1B1B1B", "#901010", "#906565") image(cardinal.sscg, model=list(r=1, k=10, s=3), key=FALSE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 73: Workflows-clustering.Rnw:808-809 ################################################### mycol <- c("#1B1B1B", "#A1A1A1", "#906565", "#999999", "#B02020", "#901010", "#5C605C", "#4D2C36") image(cardinal.ssca, model=list(r=2, k=10, s=3), key=FALSE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 74: Workflows-clustering.Rnw:816-817 ################################################### plot(summary(cardinal.sscg)) ################################################### ### code chunk number 75: Workflows-clustering.Rnw:824-825 ################################################### plot(summary(cardinal.ssca)) ################################################### ### code chunk number 76: Workflows-clustering.Rnw:975-976 ################################################### toLatex(sessionInfo())