## ----load, eval=TRUE, warning=FALSE, results="hide"---------------------- library(sparseDOSSA) ## ----run-sparsedossa-help, eval=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- ?sparseDOSSA ## ----default-run, eval=TRUE, cache=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- sparseDOSSA::sparseDOSSA() ## ----input-community, eval=TRUE, cache=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- n.microbes <- 150 n.samples <- 50 n.metadata <- 2 sparseDOSSA::sparseDOSSA( number_features = n.microbes, number_samples = n.samples, number_metadata = n.metadata ) ## ----bugmeta, eval=TRUE, cache=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- sparseDOSSA::sparseDOSSA( spikeStrength = "2.0", spikeCount = "2" ) ## ----bugbug, eval=TRUE, cache=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- sparseDOSSA::sparseDOSSA( runBugBug = TRUE, bugBugCorr = "0.2", bugs_to_spike = 5 ) ## ----output, eval=TRUE, cache=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, results="hide"---- sparseDOSSA::sparseDOSSA( strNormalizedFileName = "my_Microbiome.pcl", strCountFileName = "my_Microbiome-Counts.pcl", parameter_filename = "my_MicrobiomeParameterFile.txt" ) ## ----PRISM, eval=FALSE, cache=TRUE, results="hide"----------------------- # n.microbes <- 150 # n.samples <- 180 # n.metadata <- 10 # n.dataset <- 1 # sparseDOSSA::sparseDOSSA( number_features = n.microbes, # number_samples = n.samples, # number_metadata = n.metadata, # datasetCount = n.dataset ) ## ----PRISM-bm, eval=FALSE, cache=TRUE, results="hide"-------------------- # n.microbes <- 150 # n.samples <- 180 # n.metadata <- 10 # n.dataset <- 1 # spike.perc <- 0.02 # sparseDOSSA::sparseDOSSA( number_features = n.microbes, # number_samples = n.samples, # number_metadata = n.metadata, # datasetCount = n.dataset, # percent_spiked =spike.perc ) ## ----PRISM-bb, eval=FALSE, cache=TRUE, results="hide"-------------------- # n.microbes <- 150 # n.samples <- 180 # n.metadata <- 10 # n.dataset <- 1 # n.corr <- 10 # sparseDOSSA::sparseDOSSA( number_features = n.microbes, # number_samples = n.samples, # number_metadata = n.metadata, # datasetCount = n.dataset, # bugs_to_spike = n.corr, # runBugBug = TRUE ) ## ----Metagenomeseq, eval=FALSE, cache=TRUE, results="hide"--------------- # sparseDOSSA::sparseDOSSA( calibrate = "mice.txt", number_metadata = 1, # percent_spiked = 0.2 )