### R code from vignette source 'plethy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: plethy.Rnw:32-33 ################################################### stopifnot(require(plethy)) ################################################### ### code chunk number 3: plethy.Rnw:36-42 ################################################### file.name <- buxco.sample.data.path() chunk.size <- 500 db.name <- file.path(tempdir(), "bux_test.db") parse.buxco(file.name=file.name, chunk.size=chunk.size, db.name=db.name, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: plethy.Rnw:46-53 ################################################### bux.db <- makeBuxcoDB(db.name=db.name) samples(bux.db) variables(bux.db) tables(bux.db) ################################################### ### code chunk number 5: plethy.Rnw:57-62 ################################################### data.1 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_1", variables="Penh") head(data.1) ################################################### ### code chunk number 6: plethy.Rnw:66-73 ################################################### data.2 <- retrieveData(bux.db, samples=c("8034x13140_1", "8034x13140_10"), variables=c("Penh", "f")) head(data.2) table(data.1$Sample_Name, data.1$Variable_Name) ################################################### ### code chunk number 7: plethy.Rnw:77-81 ################################################### addAnnotation(bux.db, query=day.infer.query, index=FALSE) addAnnotation(bux.db, query=break.type.query, index=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: plethy.Rnw:85-89 ################################################### annoCols(bux.db) annoLevels(bux.db) ################################################### ### code chunk number 9: plethy.Rnw:93-97 ################################################### data.3 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh") with(data.3, table(Days, Break_type_label)) ################################################### ### code chunk number 10: plethy.Rnw:101-110 ################################################### data.4 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0) with(data.4, table(Days, Break_type_label)) data.5 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0, Break_type_label = 'EXP') with(data.5, table(Days, Break_type_label)) ################################################### ### code chunk number 11: plethy.Rnw:115-122 ################################################### exp.penh <- retrieveData(bux.db, variables="Penh", Break_type_label = 'EXP') head(exp.penh) boxplot(Value~Sample_Name, data=exp.penh) ################################################### ### code chunk number 12: plethy.Rnw:125-129 ################################################### plot(Value~Break_sec_start, data=exp.penh, subset=Sample_Name=="8034x13140_5", type="l", xlab="Seconds past start")