### R code from vignette source 'pathVar.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: pathVar.Rnw:25-27 ################################################### options(width=80) library(pathVar) ################################################### ### code chunk number 2: pathVar.Rnw:89-93 ################################################### samp.id <- colnames(bock) cell.id <- character(length(samp.id)) cell.id[grep("hES", samp.id)] <- "esc" cell.id[grep("hiPS", samp.id)] <- "ips" ################################################### ### code chunk number 3: pathVar.Rnw:96-98 ################################################### qc.esc <- apply(bock[,cell.id == "esc"], 1, function(x,ct){ sum(x >= ct) }, ct=1) bock.esc <- bock[qc.esc >= .75*sum(cell.id == "esc"),] ################################################### ### code chunk number 4: pathVar.Rnw:102-105 ################################################### qc.ips <- apply(bock[,cell.id == "ips"], 1, function(x,ct){ sum(x >= ct) }, ct=1) bock.esc_ips <- bock[qc.esc >= .75*sum(cell.id == "esc") & qc.ips >= .75*sum(cell.id == "ips"),] ################################################### ### code chunk number 5: diagnostics ################################################### diagnosticsVarPlots(bock.esc) ################################################### ### code chunk number 6: diagnosticsTwoSamp ################################################### diagnosticsVarPlotsTwoSample(bock.esc_ips[1:5000,], groups=as.factor(c(rep(1,10),rep(2,10)))) ################################################### ### code chunk number 7: pathVar.Rnw:145-146 ################################################### resOneSam=pathVarOneSample(bock.esc,pways.kegg,test="chisq",varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 8: pathVar.Rnw:149-150 ################################################### resOneSam@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 9: pathVar.Rnw:154-155 ################################################### resOneSam@NAPways[1:3] ################################################### ### code chunk number 10: pathVar.Rnw:159-160 ################################################### resOneSam@numOfClus ################################################### ### code chunk number 11: pathVar.Rnw:165-167 ################################################### intersect(names(resOneSam@genesInPway[["Staphylococcus aureus infection"]]), names(resOneSam@genesInPway[["Asthma"]])) ################################################### ### code chunk number 12: pathVar.Rnw:172-173 ################################################### sigOneSam=sigPway(resOneSam,0.05) ################################################### ### code chunk number 13: pathVar.Rnw:177-178 ################################################### sigOneSam@genesInSigPways1[1] ################################################### ### code chunk number 14: pathVar.Rnw:183-184 ################################################### names(which(unlist(lapply(sigOneSam@sigCatPerPway,function(x) 4%in% x)))) ################################################### ### code chunk number 15: hist_1 ################################################### plotPway(resOneSam,"ECM-receptor interaction",sigOneSam) ################################################### ### code chunk number 16: pathVar.Rnw:216-219 ################################################### grp=c(rep(1, sum(cell.id == "esc")), rep(2, sum(cell.id == "ips"))) set.seed(1) resTwoSam=pathVarTwoSamplesCont(bock.esc_ips,pways.kegg,groups=as.factor(grp),varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 17: pathVar.Rnw:222-223 ################################################### resTwoSam@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 18: pathVar.Rnw:227-230 ################################################### sigTwoSam=sigPway(resTwoSam,0.1) rbind(resTwoSam@var1[sigTwoSam@genesInSigPways1[["Oxidative phosphorylation"]]] ,resTwoSam@var2[sigTwoSam@genesInSigPways1[["Oxidative phosphorylation"]]])[,1:5] ################################################### ### code chunk number 19: dens_1 ################################################### plotPway(resTwoSam,"Oxidative phosphorylation",sigTwoSam) ################################################### ### code chunk number 20: pathVar.Rnw:246-248 ################################################### genes=getGenes(resTwoSam,"Oxidative phosphorylation",c(0.25,0.6)) setdiff(genes@genes1,genes@genes2) ################################################### ### code chunk number 21: pathVar.Rnw:267-269 ################################################### resTwoSamDisc=pathVarTwoSamplesDisc(bock.esc_ips,pways.kegg,groups=as.factor(grp), test="exact",varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 22: pathVar.Rnw:272-273 ################################################### resTwoSamDisc@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 23: pathVar.Rnw:278-279 ################################################### sigTwoSamDisc=sigPway(resTwoSamDisc,0.01) ################################################### ### code chunk number 24: 2SamDisc_1 ################################################### plotPway(resTwoSamDisc,"Ribosome",sigTwoSamDisc) ################################################### ### code chunk number 25: 2SamDisc2 ################################################### plotAllTwoSampleDistributionCounts(bock.esc_ips, resTwoSamDisc, perc=c(1/3,2/3), pvalue=0.05, NULL) ################################################### ### code chunk number 26: 2SamDisc2 ################################################### plotAllTwoSampleDistributionCounts(bock.esc_ips, resTwoSamDisc, perc=c(1/3,2/3), pvalue=0.05, NULL)