### R code from vignette source 'methyAnalysis.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=50) ################################################### ### code chunk number 2: load library and example data ################################################### library(methyAnalysis) ## load the example data data(exampleMethyGenoSet) ## show MethyGenoSet class slotNames(exampleMethyGenoSet) # showClass('MethyGenoSet') ## get chromosome location information head(rowRanges(exampleMethyGenoSet)) ## retrieve methylation data dim(exprs(exampleMethyGenoSet)) ## Sample information colData(exampleMethyGenoSet) ################################################### ### code chunk number 3: Slide-window smoothing of the DNA methylation data ################################################### methyGenoSet.sm <- smoothMethyData(exampleMethyGenoSet, winSize = 250) ## winsize is kept as an attribute attr(methyGenoSet.sm, 'windowSize') ################################################### ### code chunk number 4: Differential methylation test ################################################### ## get sample type information sampleType <- colData(exampleMethyGenoSet)$SampleType ## Do differential test allResult <- detectDMR.slideWin(exampleMethyGenoSet, sampleType=sampleType) head(allResult) ################################################### ### code chunk number 5: Identifying DMR ################################################### ## Identify the DMR (Differentially Methylated Region) by setting proper parameters. ## Here we just use default ones allDMRInfo = identifySigDMR(allResult) names(allDMRInfo) ################################################### ### code chunk number 6: Identifying DMR ################################################### ## Annotate significant DMR info DMRInfo.ann <- annotateDMRInfo(allDMRInfo, 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene') ## output the DMR information export.DMRInfo(DMRInfo.ann, savePrefix='testExample') ################################################### ### code chunk number 7: Export data for external tools (eval = FALSE) ################################################### ## ## output in IGV supported "gct" file ## export.methyGenoSet(exampleMethyGenoSet, file.format='gct', savePrefix='test') ## ## output in BigWig files ## export.methyGenoSet(exampleMethyGenoSet, file.format='bw', savePrefix='test') ################################################### ### code chunk number 8: heatmap ################################################### heatmapByChromosome(exampleMethyGenoSet, gene='6493', genomicFeature='TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene', includeGeneBody=TRUE, newPlot=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: heatmap_phenotype ################################################### plotMethylationHeatmapByGene('6493', methyGenoSet=exampleMethyGenoSet, includeGeneBody=TRUE, phenoData=colData(exampleMethyGenoSet), genomicFeature='TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene', newPlot=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: methyAnalysis.Rnw:214-215 ################################################### toLatex(sessionInfo())