### R code from vignette source 'gaia.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadGAIA ################################################### library(gaia) ################################################### ### code chunk number 2: loadMarkersData ################################################### data(synthMarkers_Matrix) ################################################### ### code chunk number 3: loadCNVData ################################################### data(synthCNV_Matrix) ################################################### ### code chunk number 4: createMarkersObject ################################################### markers_obj <- load_markers(synthMarkers_Matrix) ################################################### ### code chunk number 5: createCNVObject ################################################### cnv_obj <- load_cnv(synthCNV_Matrix, markers_obj, 10) ################################################### ### code chunk number 6: runGAIA_default ################################################### results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "CompleteResults.txt") ################################################### ### code chunk number 7: printResults ################################################### results[which(results[,6]==min(results[,6])),] ################################################### ### code chunk number 8: runGAIA_notDefault ################################################### results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "Results.txt", aberrations=1, chromosomes=c(10, 11, 14), threshold=0.5) ################################################### ### code chunk number 9: loadCRC ################################################### data(crc_markers) data(crc) crc_markers_obj <- load_markers(crc_markers) crc_cnv_obj <- load_cnv(crc, crc_markers_obj, 30) ################################################### ### code chunk number 10: runGAIA_on_CRC ################################################### res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crcResults.txt", chromosomes=14, hom_threshold=0.12) ################################################### ### code chunk number 11: runGAIA_approx_on_CRC ################################################### res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crc_approx_Results.txt", hom_threshold=0.12, num_iterations=5000, approximation=TRUE)