### R code from vignette source 'PAPiPackage.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LoadMetabolomicsData ################################################### library(PAPi) library(svDialogs) data(metabolomicsData) print(metabolomicsData) ################################################### ### code chunk number 2: LoadKeggLibrary ################################################### data(keggLibrary) print(keggLibrary) ################################################### ### code chunk number 3: UsingaddKeggCodes ################################################### print(metabolomicsData) print(keggLibrary) AddedKegg <- addKeggCodes( metabolomicsData, keggLibrary, save = FALSE, addCodes = TRUE ) print(AddedKegg) ################################################### ### code chunk number 4: ApplyingPAPi ################################################### data(papiData) print(papiData) #papiResults <- papi(papiData, save = FALSE, offline = TRUE, localDatabase = "default") data(papiResults) head(papiResults) ################################################### ### code chunk number 5: papiResults ################################################### data(papiResults) head(papiResults) ################################################### ### code chunk number 6: papiHtest ################################################### head(papiResults) ApplyingHtest <- papiHtest( papiResults, save = FALSE, StatTest = "T" ) head(ApplyingHtest) ################################################### ### code chunk number 7: papiLine ################################################### head(papiResults) papiLine( papiResults, relative = TRUE, setRef.cond = TRUE, Ref.cond = "cond1", save = FALSE )