### R code from vignette source 'IMPCdata.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: IMPCdata.Rnw:58-60 ################################################### library(IMPCdata) getName("pipeline_stable_id","pipeline_name","MGP_001") ################################################### ### code chunk number 2: IMPCdata.Rnw:63-65 ################################################### library(IMPCdata) getName("gene_accession_id","gene_symbol","MGI:1931466") ################################################### ### code chunk number 3: IMPCdata.Rnw:83-86 ################################################### library(IMPCdata) getPhenCenters() printPhenCenters() ################################################### ### code chunk number 4: IMPCdata.Rnw:94-98 ################################################### library(IMPCdata) getPipelines("WTSI") getPipelines("WTSI",excludeLegacyPipelines=FALSE) printPipelines("WTSI") ################################################### ### code chunk number 5: IMPCdata.Rnw:109-112 ################################################### library(IMPCdata) head(getProcedures("WTSI","MGP_001"),n=2) printProcedures("WTSI","MGP_001",n=2) ################################################### ### code chunk number 6: IMPCdata.Rnw:119-122 ################################################### library(IMPCdata) head(getParameters("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001"),n=2) printParameters("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001",n=2) ################################################### ### code chunk number 7: IMPCdata.Rnw:133-136 ################################################### library(IMPCdata) head(getStrains("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001","IMPC_CBC_003_001"),n=2) printStrains("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001","IMPC_CBC_003_001",n=2) ################################################### ### code chunk number 8: IMPCdata.Rnw:146-150 ################################################### library(IMPCdata) head(getGenes("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001","IMPC_CBC_003_001"),n=2) printGenes("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001", "IMPC_CBC_003_001","MGI:2159965",n=2) ################################################### ### code chunk number 9: IMPCdata.Rnw:160-164 ################################################### library(IMPCdata) head(getAlleles("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001", "IMPC_CBC_003_001","MGI:5446362"),n=2) printAlleles("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001","IMPC_CBC_003_001",n=2) ################################################### ### code chunk number 10: IMPCdata.Rnw:177-180 ################################################### library(IMPCdata) getZygosities("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001","IMPC_CBC_003_001", StrainID="MGI:5446362",AlleleID="EUROALL:64") ################################################### ### code chunk number 11: IMPCdata.Rnw:215-217 (eval = FALSE) ################################################### ## library(IMPCdata) ## getIMPCTable("./IMPCData.csv","WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001") ################################################### ### code chunk number 12: IMPCdata.Rnw:232-235 (eval = FALSE) ################################################### ## library(IMPCdata) ## IMPC_dataset1 <- getIMPCDataset("WTSI","MGP_001","IMPC_CBC_001", ## "IMPC_CBC_003_001","MGI:4431644") ################################################### ### code chunk number 13: IMPCdata.Rnw:238-243 (eval = FALSE) ################################################### ## library(PhenStat) ## testIMPC1 <- PhenList(dataset=IMPC_dataset1, ## testGenotype="MDTZ", ## refGenotype="+/+", ## dataset.colname.genotype="Colony")