### R code from vignette source 'GEOsubmission.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadGEOsubmission ################################################### library(GEOsubmission) ################################################### ### code chunk number 2: sampleSerieslabels ################################################### sampleID<-c('1','2') seriesName<-'neuronalCultures' ################################################### ### code chunk number 3: exampleWcel (eval = FALSE) ################################################### ## microarray2soft(sampleID,'sampleInfo.txt',seriesName,'seriesInfo.txt', ## softname='mydata.soft') ## ################################################### ### code chunk number 4: dataDirectory ################################################### dataDirectory<-system.file('extdata',package='GEOsubmission') ################################################### ### code chunk number 5: showInfoFiles (eval = FALSE) ################################################### ## read.delim(file.path(dataDirectory,'sampleInfo.txt')) ## read.delim(file.path(dataDirectory,'seriesInfo.txt')) ################################################### ### code chunk number 6: softFilename ################################################### soft_example_fullpath<-tempfile(pattern='soft_example') soft_example_name<-basename(soft_example_fullpath) soft_example_dir<-dirname(soft_example_fullpath) ################################################### ### code chunk number 7: exampleWexpressionmatrix ################################################### microarray2soft(sampleID,'sampleInfo.txt',seriesName,'seriesInfo.txt', datadir=dataDirectory,writedir=soft_example_dir, softname=soft_example_name,expressionmatrix='expressionNormalized.txt') ################################################### ### code chunk number 8: softContent ################################################### readLines(soft_example_fullpath) ################################################### ### code chunk number 9: deleteSoft ################################################### ## Clean-up unlink(soft_example_fullpath) ################################################### ### code chunk number 10: showExpressionmatrix (eval = FALSE) ################################################### ## read.delim(file.path(dataDirectory,'expressionNormalized.txt')) ################################################### ### code chunk number 11: exampleWstdOutput (eval = FALSE) ################################################### ## microarray2soft(c('1','2'),'sampleInfo.txt',seriesName,'seriesInfo.txt', ## datadir=dataDirectory,softname='',expressionmatrix='expressionNormalized.txt', ## verbose=FALSE) ## ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### sessionInfo()