### R code from vignette source 'DMRforPairs_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DMRforPairs_vignette.Rnw:27-29 ################################################### library(DMRforPairs) data(DMRforPairs_data) ################################################### ### code chunk number 2: DMRforPairs_vignette.Rnw:33-34 ################################################### head(CL.methy,2) ################################################### ### code chunk number 3: DMRforPairs_vignette.Rnw:38-52 ################################################### parameters=expand.grid(min_distance = c(200,300), min_n = c(4,5)) recode=1 results.parameters = tune_parameters(parameters, classes_gene=CL.methy$class.gene.related, classes_island=CL.methy$class.island.related, targetID=CL.methy$targetID, chr=CL.methy$chromosome, position=CL.methy$position, m.v=CL.methy[,c(7:8)], beta.v=CL.methy[,c(11:12)], recode=recode, gs=CL.methy$gene.symbol, do.parallel=0) results.parameters ################################################### ### code chunk number 4: DMRforPairs_vignette.Rnw:55-62 ################################################### min_n=4 d=200 dM=1.4 pval_th=0.05 experiment="results_DMRforPairs_vignette" method="fdr" clr=c("red","blue","green") ################################################### ### code chunk number 5: DMRforPairs_vignette.Rnw:72-86 ################################################### output=DMRforPairs( classes_gene=CL.methy$class.gene.related, classes_island=CL.methy$class.island.related, targetID=CL.methy$targetID, chr=CL.methy$chromosome, position=CL.methy$position, m.v=CL.methy[,c(8:10)], beta.v=CL.methy[,c(12:14)], min_n=min_n,min_distance=d,min_dM=dM, recode=recode, sep=";", method=method, debug.v=FALSE,gs=CL.methy$gene.symbol, do.parallel=0) ################################################### ### code chunk number 6: DMRforPairs_vignette.Rnw:92-93 ################################################### head(output$classes$pclass,3) ################################################### ### code chunk number 7: DMRforPairs_vignette.Rnw:96-97 ################################################### head(output$classes$pclass_recoded,3) ################################################### ### code chunk number 8: DMRforPairs_vignette.Rnw:100-101 ################################################### head(output$classes$no.pclass,10) ################################################### ### code chunk number 9: DMRforPairs_vignette.Rnw:104-105 ################################################### output$classes$u_pclass ################################################### ### code chunk number 10: DMRforPairs_vignette.Rnw:110-111 ################################################### head(output$regions$boundaries,4) ################################################### ### code chunk number 11: DMRforPairs_vignette.Rnw:114-115 ################################################### head(output$regions$valid.probes,2) ################################################### ### code chunk number 12: DMRforPairs_vignette.Rnw:118-120 ################################################### head(output$regions$valid.m,2) head(output$regions$valid.beta,2) ################################################### ### code chunk number 13: DMRforPairs_vignette.Rnw:123-124 ################################################### head(output$regions$perprobe,4) ################################################### ### code chunk number 14: DMRforPairs_vignette.Rnw:129-130 ################################################### head(output$tested,1) ################################################### ### code chunk number 15: DMRforPairs_vignette.Rnw:146-153 ################################################### tested_inclannot=export_data( tested=output$tested, regions=output$regions, th=pval_th,min_n=min_n,min_dM=dM,min_distance=d, margin=10000,clr=clr,method=method,experiment.name=experiment, annotate.relevant=FALSE,annotate.significant=FALSE, FigsNotRelevant=FALSE,debug=FALSE) ################################################### ### code chunk number 16: DMRforPairs_vignette.Rnw:168-176 ################################################### plot_annotate_region(output$tested, output$regions, margin=10000, regionID=16, clr=clr, annotate=FALSE, scores=TRUE, path=experiment) ################################################### ### code chunk number 17: DMRforPairs_vignette.Rnw:187-194 ################################################### plot_annotate_gene(gs="BMPER", regions=output$regions, margin=10000, ID="BMPER", clr=clr, annotate=FALSE, path=experiment) ################################################### ### code chunk number 18: DMRforPairs_vignette.Rnw:205-213 ################################################### plot_annotate_custom_region(chr=7, st=33943000, ed=33945000, output$regions, margin=500, ID="BMPER_TSS", clr=clr,annotate=FALSE, path=experiment)