### R code from vignette source 'supraHex_vignettes.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: supraHex_vignettes.Rnw:99-104 ################################################### library("supraHex") pdf("supraHex_vignettes-suprahex.pdf", width=6, height=6) sTopol <- sTopology(xdim=15, ydim=15, lattice="hexa", shape="suprahex") visHexMapping(sTopol,mappingType="indexes",newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 2: supraHex_vignettes.Rnw:129-132 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("supraHex") ## library(supraHex) # load the package ################################################### ### code chunk number 3: supraHex_vignettes.Rnw:136-139 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("hexbin",repos="http://www.stats.bris.ac.uk/R") ## install.packages("supraHex",repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source") ## library(supraHex) # load the package ################################################### ### code chunk number 4: supraHex_vignettes.Rnw:143-145 (eval = FALSE) ################################################### ## library(help="supraHex") # real-time help ## help.start() # html help (follow the links to supraHex) ################################################### ### code chunk number 5: supraHex_vignettes.Rnw:149-150 (eval = FALSE) ################################################### ## browseVignettes("supraHex") ################################################### ### code chunk number 6: supraHex_vignettes.Rnw:154-155 (eval = FALSE) ################################################### ## citation("supraHex") # cite the package ################################################### ### code chunk number 7: startup ################################################### data <- cbind( matrix(rnorm(1000*3,mean=0.5,sd=1), nrow=1000, ncol=3), matrix(rnorm(1000*3,mean=-0.5,sd=1), nrow=1000, ncol=3) ) colnames(data) <- c("S1","S1","S1","S2","S2","S2") ################################################### ### code chunk number 8: supraHex_vignettes.Rnw:249-250 ################################################### data[1:5,] ################################################### ### code chunk number 9: supraHex_vignettes.Rnw:255-256 (eval = FALSE) ################################################### ## data <- read.table(file="you_input_data_file", header=TRUE, row.names=1, sep="\t") ################################################### ### code chunk number 10: supraHex_vignettes.Rnw:278-279 ################################################### sMap <- sPipeline(data=data) ################################################### ### code chunk number 11: supraHex_vignettes.Rnw:284-287 ################################################### # it will also write out a file ('Output.txt') into your disk output <- sWriteData(sMap=sMap, data=data, filename="Output.txt") output[1:5,] ################################################### ### code chunk number 12: supraHex_vignettes.Rnw:301-302 (eval = FALSE) ################################################### ## visHexMapping(sMap,mappingType="indexes",newpage=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: supraHex_vignettes.Rnw:306-309 ################################################### pdf("supraHex_vignettes-hit.pdf", width=6, height=6) visHexMapping(sMap,mappingType="hits",newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 14: supraHex_vignettes.Rnw:314-317 ################################################### pdf("supraHex_vignettes-distance.pdf", width=6, height=6) visHexMapping(sMap,mappingType="dist",newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 15: supraHex_vignettes.Rnw:329-333 ################################################### pdf("supraHex_vignettes-line.pdf", width=6, height=6) visHexPattern(sMap, plotType="lines", customized.color=rep(c("red","green"),each=3),newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 16: supraHex_vignettes.Rnw:338-342 ################################################### pdf("supraHex_vignettes-bar.pdf", width=6, height=6) visHexPattern(sMap, plotType="bars", customized.color=rep(c("red","green"),each=3),newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 17: supraHex_vignettes.Rnw:349-351 (eval = FALSE) ################################################### ## ?visHexMapping ## ?visHexPattern ################################################### ### code chunk number 18: supraHex_vignettes.Rnw:360-365 ################################################### sBase <- sDmatCluster(sMap=sMap, which_neigh=1, distMeasure="median", clusterLinkage="average") pdf("supraHex_vignettes-cluster.pdf", width=6, height=6) visDmatCluster(sMap, sBase, newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 19: supraHex_vignettes.Rnw:371-374 ################################################### # it will also write out a file ('Output_base.txt') into your disk output <- sWriteData(sMap, data, sBase, filename="Output_base.txt") output[1:5,] ################################################### ### code chunk number 20: supraHex_vignettes.Rnw:385-387 (eval = FALSE) ################################################### ## sReorder <- sCompReorder(sMap=sMap) ## visCompReorder(sMap=sMap, sReorder=sReorder) ################################################### ### code chunk number 21: supraHex_vignettes.Rnw:400-403 ################################################### pdf("supraHex_vignettes-kernels.pdf", width=12, height=6) visKernels(newpage=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 22: supraHex_vignettes.Rnw:412-414 (eval = FALSE) ################################################### ## sMap_ga <- sPipeline(data=data, neighKernel="gaussian", init="uniform") ## visHexMulComp(sMap_ga) ################################################### ### code chunk number 23: supraHex_vignettes.Rnw:419-421 (eval = FALSE) ################################################### ## sMap_bu <- sPipeline(data=data, neighKernel="bubble", init="uniform") ## visHexMulComp(sMap_bu) ################################################### ### code chunk number 24: supraHex_vignettes.Rnw:426-428 (eval = FALSE) ################################################### ## sMap_cu <- sPipeline(data=data, neighKernel="cutgaussian", init="uniform") ## visHexMulComp(sMap_cu) ################################################### ### code chunk number 25: supraHex_vignettes.Rnw:433-435 (eval = FALSE) ################################################### ## sMap_ep <- sPipeline(data=data, neighKernel="ep", init="uniform") ## visHexMulComp(sMap_ep) ################################################### ### code chunk number 26: supraHex_vignettes.Rnw:440-442 (eval = FALSE) ################################################### ## sMap_gm <- sPipeline(data=data, neighKernel="gamma", init="uniform") ## visHexMulComp(sMap_gm) ################################################### ### code chunk number 27: sessinfo ################################################### sessionInfo()