### R code from vignette source 'prada2cellHTS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: prepare ################################################### library("cellHTS2") ################################################### ### code chunk number 2: readPlateData ################################################### experimentName = "ApoptosisScreen" dataPath = system.file("extdata", package = "prada") x = readPlateList("Platelist.txt", name = experimentName, path = dataPath, verbose = FALSE, importFun=function(file, path){ data <- read.delim(file, header=FALSE, as.is=TRUE) return(list(data.frame(well=I(as.character(data[,2])), val=-log10(data[,3])), readLines(file))) }) x ################################################### ### code chunk number 3: configure ################################################### x = configure(x, confFile="Plateconf.txt", descripFile="Description.txt", path=dataPath) ################################################### ### code chunk number 4: annotate ################################################### geneIDFile = file.path(dataPath, "GeneIDs.txt") x = annotate(x, geneIDFile) ################################################### ### code chunk number 5: normalize ################################################### xn <- normalizePlates(x, method="mean") xsc <- scoreReplicates(xn, sign="-", method="zscore") xsc <- summarizeReplicates(xsc, summary="mean") ################################################### ### code chunk number 6: report (eval = FALSE) ################################################### ## od <- tempfile() ## writeReport(raw=x, normalized=xn, scored=xsc, force = TRUE, outdir=od)