### R code from vignette source 'SQUADD.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: source package ################################################### library(SQUADD) ################################################### ### code chunk number 2: instance ################################################### # construct instance of SquadSimResServiceImpl fpath <- system.file("extdata", package="SQUADD") folder <- file.path(fpath,"data_IAA") sim <- simResService (folder=folder, time= 45, ncolor=5, legend= c("ARF(a)", "ARF(i)", "AR_Genes", "Aux/IAA", "BES1/BZR1","BIN2","BR","BRI1BAK1","BRR_Genes","BRX","BR_Biosynthesis","BZR1","DO","IAA","IAA_Biosynthesis","NGA1", "PIN", "SCFTir1","StimAux", "StimBR"), indexDeno=1, method="lowess") ################################################### ### code chunk number 3: SimMatrix ################################################### sim["selectNode"] <-c("DO","IAA_Biosynthesis","BR_Biosynthesis", "IAA", "BR") plotSimMatrix(sim) ################################################### ### code chunk number 4: fittedValues ################################################### tab <- getFittedTable(sim) ################################################### ### code chunk number 5: PredMap ################################################### plotPredMap(sim) ################################################### ### code chunk number 6: FigPredMap ################################################### plotPredMap(sim) ################################################### ### code chunk number 7: CorrelationCircle ################################################### # Fill the field conditionList of the object sim sim["conditionList"] <- c("Normal", "brxlof", "BRrescue","brxarfilof","brxarfiBRrescue", "brxgof") plotCC(sim) ################################################### ### code chunk number 8: figCorrCircle ################################################### # Fill the field conditionList of the object sim sim["conditionList"] <- c("Normal", "brxlof", "BRrescue","brxarfilof","brxarfiBRrescue", "brxgof") plotCC(sim) ################################################### ### code chunk number 9: SQUADD.Rnw:213-214 ################################################### sessionInfo()